Looduslik märgala on keeruline ökosüsteem. Nagu muud ökosüsteemid, olgu need siis maa- või veepõhised, mõjutavad märgalade vormi ja funktsiooni paljud tegurid. Nii biootilised kui abiootilised tegurid ja protsessid on loodusliku märgalade ökosüsteemi lahutamatud osad. Mõiste "biootiline" viitab elusolenditele. Mõiste "abiootiline" viitab materjalidele, protsessidele või teguritele, mis ei ela.
Vesi
Vesi ise on ehk looduslikel märgaladel põhiline abiootiline tegur. Kuigi vesi on praktiliselt kõigi bioloogiliste protsesside jaoks hädavajalik, on vesi ise elutu ja see võib esineda elusolenditest sõltumatult. Looduslikes märgalades on vesi keskkond, kus kogu ökosüsteem eksisteerib ja toimib. Varasemalt jäätunud piirkondade märgalad - massiivsete jääkihtide kujul - võivad oma varase alguse võlgneda liustiku võimsale nikerdamisele. Niisiis, isegi vesi dramaatiliselt erinevas vormis oli märgala arenguks oluline tegur.
Õhk
Erinevalt veest koosneb õhk rohkem kui ühest keemilisest ühendist. Hapnik, lämmastik, süsinikdioksiid ja mitmed muud gaasilised ained moodustavad õhu keemilise koostise. Õhk, eriti selles sisalduv hapnik, on looduslikes märgalades veel üks kriitiline abiootiline tegur. Praktiliselt igas märgalade ökosüsteemis on palju erinevaid taimi ja loomi. Rohelised taimed kasutavad õhust tekkivat süsinikdioksiidi; omakorda eraldavad nad jääkainena hapnikku. Loomad teevad tagurpidi; nad võtavad sisse ja kasutavad hapnikku ning eraldavad jääkainena süsinikdioksiidi. Kuigi on organisme, mis suudavad ja saavad elada ja kasvada hapniku puudumisel, on valdav enamus neist looduslikud märgalad - nii vee all kui ka selle pinnal - vajavad eluvormid hapnikku õhk.
Päikesevalgus
Päikesevalgus on looduslikes märgalades hädavajalik abiootiline tegur. Päikesevalgus annab energia, mida taimed vajavad fotosünteesi läbiviimiseks. Sama energia kandub märgaja teistele organismidele läbi toiduahela või toiduvõrgu. Ja temperatuur on loomulikult abiootiline tegur, mis on otseselt seotud energiakogusega, mida märgalad päikeselt saavad.
Mineraalid
Vee all, loodusliku märgala põhjas, on mitmesuguseid settematerjale. Suur osa sellest materjalist on orgaaniline või biootiline ja tuleneb märgalal olevate elusorganismide lagunevatest jäänustest. Kuid sellel settematerjalil on ka mineraalne komponent. Orgaanilise materjaliga segunevad eri liiki ja suurusega mineraalosakesed. Nii nagu maismaaökosüsteemides, peavad loodusliku märgalal olevad taimed elamiseks ja kasvamiseks saama abiootilisi mineraalseid toitaineid. Ja mineraalid ei piirdu ainult põhjasetetega; neid saab lahustada otse vette, kus nad moodustavad keeruka loodusliku keemilise segu, millel on mõju sellistele teguritele nagu pH, mis näitab vee happesust.
Kivid
Lisaks suhteliselt väikestele mineraalsete setete osakestele leidub märgaladel sageli suuremaid erineva suuruse ja liiki kivimeid. Kas märja alune ja selle vundamenti moodustav massiivne pidev aluskivikiht või suhteliselt väiksem kivimid, mis asuvad vee all või mis ulatuvad pinna kohale, on kivimid paljudes oluliseks abiootiliseks teguriks märgalad. Lisaks sellele, et taimed ja loomad saavad substraate kasvamiseks või ahvenaks kasvamiseks, on kivimid läbi looduslikud ilmastikuprotsessid - lagunevad järk-järgult ja annavad märgalale mineraalseid toitaineid ökosüsteem.