Kivistisi võib nende säilimisprotsessi põhjal jagada viide tüüpi. Kui organism on sette alla mattunud, võib see kivimiks muutumisel fossiili maha jätta. Organismide poolt kivimisse jäetud muljed ei ole algsest materjalist nagu olendi kude ja luustik. Orgaaniline materjal asendatakse, muundatakse või lahustatakse geoloogilise aja jooksul.
Permineraliseerimine
Pärast organismi matmist võib põhjavesi tungida tühjadesse ruumidesse. Kui vesi on rikas mineraalainete poolest, sadestuvad need välja või kristalliseeruvad organismiga samas vormis. Kristallid täidavad ja asendavad organismi, mis lahustub. Kui organism laguneb aeglaselt, siis võib tekkida rohkem kristalle, pakkudes kõrgemat detailitaset.
Vormid ja valandid
Sageli eemaldatakse organism aja jooksul täielikult lahustumise või lagunemise teel. Organismi kadumisel tekkinud õõnsused võivad settega täita. Kui organism on kadunud, jääb kaljusse vaid mulje. Kui fossiil on organismi väliskülje negatiivne jäljend, siis moodustub hallitus. Kui organism täidetakse settega, siis on see valatud.
Ümberkristallimine
Kui orgaanilist materjali ei eemaldata, saab seda muuta fossiili osaks. Settesse matmisel tekkiv soojus ja rõhk võivad muuta organismi algmaterjali struktuuri. Luudes sisalduv kaltsium võib ümberkristalluda kaltsiidiks või aragoniidiks. Organismis olevad ühendid, mis ümber kristalliseeruvad, paigutatakse ümber uute mineraalide moodustamiseks. Rekristalliseerumine toimub kõige sagedamini kaltsiumisisaldusega luudes või kestades.
Karboniseerimine
Elusained sisaldavad suures koguses süsinikku. Maetuna ja kokkusurutuna võivad nad muutuda algorganismi tumedateks mustadeks hallitusseenedeks. Intensiivne kuumus ja rõhk suruvad fossiili ja moonutavad seda. Piisava kuumuse ja rõhu korral moodustub kivisüsi. Taimlehtede fossiile leitakse moonutamata, kuid karboniseerunud, kuna need asetuvad lamedalt ja on kahemõõtmelised. Materjali ei eemaldata karboniseerimisega, vaid muudetakse.
Bioimmuratsioon
Eluvormid kasvavad mõnikord üle üksteise. Mereelustik, näiteks korall, loob põimunud struktuure, mis sageli tarbivad või ümbritsevad teisi korallitükke või merekäsna. Hallitusseened või õõnsused võib korallide fossiiljäänuste sisse jätta, mis ise on eraldi fossiilid. Kõva kestata organism jätab teda ümbritsevas suuremas olendis tühjad kohad.