Filipiinid on rikas elurikkuse ja endemismi poolest ning sellel on palju loodusvarasid, mis aitavad majandusele ja kohalikele kogukondadele kaasa. Selle rannajooned ja rannikuäärsed elupaigad on eriti olulised, kuna kalandus, põllumajandus ja tööstus sõltuvad kõik riigi veeteedest ja merekeskkonnast. Elupaikade ja bioloogilise mitmekesisuse vähenemise ohud tulenevad erinevatest tavadest, sealhulgas maa puhastamine, jätkusuutmatu kalapüük ja reostus.
Metsakatte kadumine
Aastatel 2000–2005 kaotas Filipiinid aastas veidi üle kahe protsendi metsasusest. See oli Kagu-Aasias suuruselt teine näitaja. Alates 2005. aastast arvati, et esmametsast on alles vaid kolm protsenti. Metsade kiire hävitamine toob kaasa mitmesuguseid ohte ökosüsteemile, sealhulgas bioloogilise mitmekesisuse vähenemine, mulla erosioon, üleujutused, maalihked ja veekvaliteedi halvenemine. Metsad on kaubandusliku kaevandamise ja metsaraie ohus.
Korallrahude degradeerumine
Filipiinid on mererandade bioloogilise mitmekesisuse ülemaailmne keskus. Korallide ja elusate riffkalade ebaseadusliku kogumise ja ekspordi tulemuseks on märkimisväärne kahjulik mõju bioloogilisele mitmekesisusele, korallrahude seisundile, mererohu kattele ja kalade arvule. Ainult 5 protsendil karidest säilib üle 75 protsendi elus korallkate. Hävitava kalapüügi hulka kuuluvad ülepüük, traalpüük, dünamiidipüük ja tsüaniidipüük, kus tsüaniid lahustatakse vees ja pritsitakse karidesse, teised ohud tulenevad reostusest ja erosioon.
Mangroovidele ähvardused
Mangroovide ohud hõlmavad liigset saaki, reostust ja kliirensit põllumajanduse ja inimasustuse jaoks. Krevettide kasvatamine põhjustab piirkonnale peaaegu pöördumatut ja majanduslikult kulukat kahju, mis on veelgi murettekitavam, sest krevetifarmid muutuvad vaid kolme kuni viie aasta pärast kahjumlikuks. Mangroovide hävitamine on seotud ka korallrahude lagunemisega, kuna karid kaitsevad mangroove tugevate lainete ja hoovuste eest, mis pesevad maha peene sette, millel mangroovid kasvavad.
Elurikkuse kaotus
Filipiinid peetakse megabiodiverse riigiks. Sellel on palju ainulaadset taimestikku ja loomastikku; tegelikult on peaaegu pool tema maismaaselgroogsetest ja kuni 60 protsenti soontaimedest ainulaadsed riigile. Bioloogilise mitmekesisuse vähenemise kiirus kajastub mõnes šokeerivas leius. 2006. aasta seisuga hinnati Rahvusvahelise Looduskaitse Liidu poolt ohustatuks veidi üle 20 protsendi selgroogsete liikidest. Umbes 127 linnuliiki peetakse ohustatuks ja omaaegne Filipiinide kohalik kakaduu on nüüd kriitiliselt ohustatud.