Los eucariotas son cualquier tipo de organismo que tiene células complejas que incluyen mitocondrias, núcleos y otras partes celulares. Los tres grupos celulares principales son hongos, plantas y animales. Muchos hongos solo se relacionan con las plantas de manera superficial. Pueden parecerse un poco a las plantas y tener paredes celulares que son similares a las paredes celulares de las plantas, pero hay un árbol de frenología que muestra cómo los hongos pueden estar más relacionados con los animales que con las plantas. Debido a que los animales están más cerca en la historia evolutiva de los hongos que de las plantas, se podría decir que un hongo es más "pariente" de un humano que de las verduras en una barra de ensaladas.
Proteína
Las secuencias de proteínas de los hongos son más similares a las de los animales que a las de las plantas. Por ejemplo, la proteína del moho del limo celular se parece más a la proteína animal que a la proteína vegetal. La longitud de los ribosomas en los hongos muestra un aminoácido que es similar al músculo. De hecho, existen varias secuencias de aminoácidos que son similares a las proteínas de cadena pesada de los mamíferos. Uno de estos aminoácidos es 81 por ciento idéntico a un aminoácido humano.
Clorofila
La celulosa vegetal es diferente a la celulosa fúngica. Cuando se radiografia, la celulosa vegetal es más cristalina que la celulosa fúngica. Tanto los hongos como los animales no contienen cloroblastos, lo que significa que ni los hongos ni los animales pueden procesar la fotosíntesis. La clorofila hace que las plantas sean verdes y proporciona nutrición a las plantas. Por el contrario, los hongos absorben los nutrientes del material vegetal en descomposición a través de un proceso enzimático y los animales ingieren su alimento.
Quitina
Tanto los hongos como los animales contienen una molécula de polisacárido llamada quitina que las plantas no comparten. La quitina es un carbohidrato complejo que se utiliza como componente estructural. Los hongos usan quitina como elemento estructural en las paredes celulares. En los animales, la quitina está contenida en el exoesqueleto de los insectos y en los picos de los moluscos. La quitina funciona de manera similar a la celulosa vegetal, pero la quitina es más fuerte. Los estudios realizados sobre polisacáridos de hongos mostraron que la adición de álcali que contiene nitrógeno destruye los hongos y produce ácido acético. Estas reacciones químicas no ocurrieron en los polisacáridos vegetales.
Los hongos no son algas
Las algas son las plantas más simples y primitivas. En 1955, el Dr. George W. Martin concluyó que los hongos se derivan de algas que habían perdido clorofila. Sin embargo, la hipótesis de Martin no consideró que las condiciones atmosféricas pudieran haber sido diferentes cuando comenzó la vida de lo que eran en 1955. Además, Martin no tomó en consideración que las bacterias fijadoras de nitrógeno podrían haber existido incluso antes de que las plantas evolucionaran, lo que podría haberse utilizado como fuente de alimento para los hongos. En 1966, el Dr. A.S. Sussman observó que, si bien los hongos se parecían superficialmente a las algas, había aspectos de los hongos, como el núcleo celular y la organización, que no podían explicarse.
Esteroles
Algunos biólogos han citado que los esteroles animales y fúngicos son diferentes, por lo tanto, los hongos no pueden ser similares a los animales. Los animales producen colesterol, mientras que los hongos producen ergosterol. Tras un examen más detenido, tanto los esteroles fúngicos como los animales contienen lanosterol, mientras que los fitoesteroles de las plantas verdes contienen cicloartenol.
¿Su propia categoría?
Quizás los hongos no se deriven de plantas ni de animales unicelulares. Algunos biólogos han argumentado que los hongos son filogenéticamente distintos de todos los demás eucariotas. Los hongos parecen ser únicos en el hecho de que por sí solos requieren un factor de elongación de traslación llamado EF-3. Hay algunas actividades proteicas que son esenciales para el alargamiento de la traducción in vivo.