Las arqueobacterias son organismos que en realidad son muy diferentes bioquímica y genéticamente de otras bacterias. Por lo tanto, las arqueobacterias son un término obsoleto y ahora se clasifican en el dominio Archaea. Las clasificaciones dentro de este dominio no son oficiales debido a los debates sobre la descendencia de los microbios. Muchos viven en las temperaturas extremas de los respiraderos hidrotermales en las profundidades del océano o en aguas termales y algunos viven en lodo privado de oxígeno. Otros viven en agua muy salada y otros en ambientes extremadamente alcalinos o ácidos, o incluso en aceite. Los siguientes ejemplos están clasificados por orden taxonómico de reino, filo, clase, orden, familia, género y especie.
Archaea de ventilación hidrotermal
Un ejemplo en el dominio Archaea es Methanocaldococcus jannaschii, actualmente clasificado como Archaea: Euryarchaeota: Methanobacteria; Methanobacteriales: Methanobacteriaceae, Methanocaldococcus y especies jannaschii. Se obtuvo de un respiradero hidrotermal en el fondo del océano que vive a presiones de más de 200 atmósferas y temperaturas superiores a los 85 grados centígrados. Sobrevive sin oxígeno y produce metano como producto de su metabolismo.
Archaea prosperando en el intestino humano
Methanibrevibacter smithii actualmente clasificado como Archaea; Euryarchaeota; Metanobacterias; Methanobacteriales; Methanobacteriaceae; Methanobrevibacter y especies smithii. Ocupa el intestino humano y funciona sin oxígeno. Convierte CO2 al metano y es importante en la descomposición de nutrientes.
Archaea amante de la sal
Haloquadra walsbyi actualmente se clasifica como Archaea; Euryarchaeota; Halobacteria; Halobacteriales; Halobacteriaceae; Haloquadratum; y especies walsbyi. Reside en ambientes extremadamente salados y utiliza la energía del sol en el proceso fotosintético. Tienen forma cuadrada y sacos llenos de gas que les permiten flotar. También pueden unirse y formar hojas grandes.
Archaea del mar profundo que usa azufre
Thermococcus litoralis es otra especie de respiradero térmico de aguas profundas. Actualmente se clasifica como Archaea; Euryarchaeota; Termococos; Thermococcacae; Thermococcus; y especies litoralis. Requiere azufre para crecer y, a diferencia de los otros ejemplos, no produce metano. Prospera en altas temperaturas y es una de las arqueas, incluidas las especies aún por descubrir.
Archaea pequeña y parasitaria se destaca por sí sola en la clasificación
Nanoarchaeum equitans es el único miembro conocido de la subclase Nanoarchaeota de Archaea. Los científicos lo encontraron viviendo en las paredes celulares de un nuevo Ignicoccus especies que se encuentran en el fondo del océano, cerca de respiraderos termales y en una fuente termal ubicada en el Parque Nacional Yellowstone. Nanoarchaeum equitans, que parece tener una relación parasitaria con el Ignicoccus especie, es pequeño, sólo 400 nanómetros de diámetro, y parece prosperar en temperaturas entre 167 y 204 grados Fahrenheit.