Quizás la forma más importante en que las esporas de moho se diferencian de las endosporas bacterianas es que los mohos se clasifican como los llamados hongos superiores. Como tales, presentan lo que los biólogos denominan el tipo de célula eucariota. Las endosporas bacterianas, por otro lado, se forman a partir de bacterias que, como grupo, se clasifican en el tipo de células procariotas. La diferencia entre la célula procariota y la célula eucariota es fundamental en biología. En términos más sencillos, la célula bacteriana es estructuralmente mucho más simple.
La célula eucariota, como las de las esporas de moho, está repleta de un complejo de estructuras celulares llamadas orgánulos. Los orgánulos realizan todo tipo de funciones celulares y uno de los orgánulos más conspicuos es el núcleo. El núcleo de la célula eucariota de las esporas de moho contiene el ADN que permite que la célula funcione y se reproduzca. Esto contrasta con las endosporas bacterianas en las que el ADN está más o menos libre en el citoplasma de la célula.
Además del núcleo, la célula de espora de moho eucariota contiene orgánulos como el retículo endoplásmico o ER. La sala de emergencias es esencialmente como un laberinto de membranas plegadas en el que se llevan a cabo muchos procesos bioquímicos vitales para la célula. En las esporas de moho, el RE está conectado a la envoltura nuclear, una membrana que rodea el núcleo celular. En las endosporas bacterianas falta esta disposición.
Las endosporas bacterianas prácticamente no presentan el nivel de sofisticación celular presente en las esporas de moho eucariotas. Otra distinción entre las endosporas bacterianas y las esporas de moho, además de su diferencia fundamental de tipo celular, es el papel que desempeñan en las historias de vida de sus respectivos organismos. Una endospora bacteriana es una estructura resistente que se forma dentro de la célula de una bacteria. A diferencia de las esporas de moho, la endospora bacteriana está especialmente adaptada para resistir condiciones ambientales adversas. Una característica clave de las endosporas bacterianas es un compuesto llamado ácido dipicolínico. Este compuesto, aunque no prevalece en las esporas de moho, es fundamental para mediar la resistencia de las endosporas bacterianas a las condiciones ambientales adversas.
Existen muchas otras diferencias entre las endosporas bacterianas y las esporas de moho. La mayoría de ellos tienen, de nuevo, que ver con la distinción fundamental entre la célula eucariota y la procariota. Muchos otros orgánulos además de los ya descritos están presentes en la espora del moho pero ausentes en la endospora bacteriana. Estos incluyen una estructura llamada aparato de Golgi y otras como el llamado nucleolo. El nucleolo es una estructura dentro del núcleo de las células eucariotas y participa activamente en la síntesis de proteínas que es fundamental para la función celular. Las endosporas bacterianas llevan a cabo muchas de las mismas funciones vitales esenciales que las esporas de moho, pero lo hacen sin los beneficios de los orgánulos sofisticados que aparecen en la espora de moho.