El ecosistema de los Cayos de Florida consta de diversos hábitats, que incluyen manglares, arrecifes de coral y pinares, que son ricos en especies únicas. Los seres humanos también son parte del ecosistema y sus actividades afectan todos los hábitats y los animales y plantas que los habitan. El ecosistema de los Cayos está compuesto por una pequeña área de tierra, por lo tanto, los impactos de las actividades humanas se magnifican. Los impactos incluyen la contaminación del agua, el aumento de especies invasoras, la sobrepesca, los efectos negativos de la navegación y el desarrollo urbano, y el cambio climático global.
La población humana del área conocida como el sudeste de Florida o los Cayos de Florida ha crecido en más de 3.9 millones de 1970 a 2008. Los campos de naranjos han dado paso a desarrollos de viviendas, centros comerciales, industrias y carreteras. Estos cambios han provocado la destrucción de hábitats naturales. Además, la contaminación del agua ha aumentado, causada por el tratamiento de aguas residuales y el desbordamiento séptico y la escorrentía de aguas pluviales que contiene petróleo, pesticidas y metales pesados.
En 2010 hubo 3,8 millones de visitantes a los Cayos. Muchos de estos visitantes se dedican a actividades como la pesca. Además de los turistas y residentes que participan en estas actividades recreativas, la pesca comercial es una gran industria en el área. La sobrepesca ha agotado las especies en el ecosistema de los Cayos, dejando peces más pequeños y cambiando las interacciones de la compleja red alimentaria.
Navegar en el área no solo ha provocado lesiones directas a los manatíes causadas por hélices, sino que las hélices también han marcado grandes áreas de pastos marinos. Los barcos encallan y dañan los arrecifes de coral cuando las anclas raspan estas delicadas formaciones. Más de 500 varamientos ocurren cada año en los Cayos. Esto destruye el hábitat y afecta negativamente a toda la cadena alimentaria, lo que provoca una mayor pérdida de especies.
A medida que los humanos se mueven, traen consigo especies de otras áreas que pueden liberarse en el ecosistema. Estas especies pueden establecerse y, debido a que no tienen depredadores, se vuelven muy exitosas, superando a las especies nativas y cambiando la dinámica de todo el ecosistema. Los animales y plantas invasores en los Cayos de Florida incluyen el pez león y la hierba de Guinea. Además de todos estos impactos locales directos e indirectos, se prevé que los efectos del calentamiento global calentarán las aguas en el área de 4 a 10 grados Fahrenheit y elevar el nivel del mar, posiblemente provocando cambios que son demasiado rápidos para que el ecosistema reparar.