Los árboles de coníferas presentan dos tipos de conos: el cono de polen y el cono de semillas. Algunas coníferas tienen ambos tipos de conos en el mismo árbol, lo que hace posible que el árbol se polinice. La polinización cruzada ocurre cuando un árbol produce solo conos de semillas y, por lo tanto, debe ser fertilizado por el polen que llega a los conos de semillas desde los conos de polen ubicados en otros árboles cercanos.
Los conos de polen son característicamente más pequeños y más anchos que los conos de semillas. Los conos de polen tienden a marchitarse y mueren una vez que el polen dentro de los conos se ha liberado para fertilizar los conos de las semillas. En su fase latente, una yema de conífera puede ser masculina, femenina o vegetativa. Distinguir entre los tipos de yemas en esta etapa solo es posible mediante disección. Una pista que puede ayudar a identificar los conos de polen es su ubicación. Los conos de semillas tienden a desarrollarse más arriba en el árbol para ayudar en la dispersión una vez que las semillas son polinizadas.
Los conos de semillas se utilizan comúnmente para identificar el tipo de árbol porque permanecen encima o debajo del árbol durante un período de tiempo más largo. Los delgados cogollos de los conos de semillas se hinchan durante cuatro a seis semanas hasta que comienzan a emerger las escamas ovulíferas de punta roja o verde. Las escamas tienden a doblarse hacia arriba desde la base del cono y luego caer hacia abajo después de aceptar el polen de los conos de polen para iniciar el desarrollo de la semilla y señalar la madurez del cono.
Algunas coníferas no tienen polen ni conos de semillas. En cambio, el árbol produce frutos que cubren parcialmente las semillas. El tejo canadiense es un ejemplo de una conífera productora de arilos que contiene una cubierta carnosa para contener las semillas del árbol. Con el fin de evitar la pérdida excesiva de semillas debido a los depredadores de animales y aves que pueden desear alimentarse del fruto del tejo, este árbol se ha adaptado para que su fruto sea tóxico y las semillas queden imperturbable.
Las coníferas portadoras de cono, o pinophyta, se clasifican como gimnospermas (sin semillas) porque sus óvulos y semillas no están encerrados dentro de los ovarios ni se encuentran dentro de las cubiertas protectoras de las frutas. Si una conífera tiene tanto polen como conos de semillas en el mismo árbol, se clasifica además como esporofito diploide. Una vez que se forman las semillas después de que ocurre la polinización, las escamas del cono se abren para liberar las semillas para su dispersión por el agua, el viento y el movimiento del hombre y los animales.