Τα ουδετερόφιλα και οξύφιλα ετεροτροφικά βακτήρια αποτελούν την πλειονότητα των ειδών βακτηρίων. Οι όροι "ουδετερόφιλοι" και "όξινοφιλοι" αναφέρονται στο βέλτιστο επίπεδο pH βακτηριακών ειδών - ένα μέτρο της οξύτητας ή της βασικότητας μιας ουσίας. Για παράδειγμα, το ξίδι μετράει ως όξινο και η μαγειρική σόδα ως βάση. Η κλίμακα pH κυμαίνεται από 0 έως 14, με 7, το pH καθαρού νερού, ακριβώς στη μέση.
Ουδετερόφιλα ετεροτροφικά
Η πλειοψηφία των βακτηρίων, των ουδετερόφιλων, ζουν στο έδαφος ή στο νερό και αναπτύσσονται καλύτερα σε ουδέτερο pH μεταξύ 6 και 8. Εάν το pH ποικίλλει πολύ έξω από αυτό το εύρος, τα ουδετερόφιλα βακτήρια δεν μπορούν να επιβιώσουν. Τα περισσότερα βακτήρια που προκαλούν ασθένειες στον άνθρωπο είναι επίσης ουδετερόφιλα ετερότροπα, κατάλληλα για να επιβιώσουν μέσα σε ένα ανθρώπινο σώμα.
Acidophilic ετεροτροφικά
Τα οξύφιλα βακτήρια αναπτύσσονται καλύτερα σε χαμηλότερα επίπεδα pH, συνήθως κάτω από pH 6, καθώς έχουν βιολογικούς μηχανισμούς που τους επιτρέπουν να διατηρούν το εσωτερικό τους pH σχεδόν ουδέτερο. Η αποστράγγιση ορυχείων οξέος - η μολυσμένη, πολύ όξινη απορροή από περιοχές εξόρυξης - περιέχει υψηλό πληθυσμό οξινοφίλων που οξειδώνουν το σουλφίδιο που βρίσκεται στα μεταλλεύματα. Σύμφωνα με το Κέντρο Επιστημονικής Εκπαίδευσης στο Carleton College, το οξύφιλο Ferroplasma που βρέθηκε στην αποξήρανση ορυχείων οξέων παρουσίασε επίπεδα pH τόσο χαμηλά όσο μηδέν.
Υποχρεωτικά οξύφιλα ετερότροπα
Τα υποχρεωτικά acidophiles απαιτούν χαμηλό pH, κάτω από 4 ή 5, για να επιβιώσουν. Η κυτταρική μεμβράνη των υποχρεωτικών acidophiles διαλύεται πραγματικά σε ουδέτερα επίπεδα pH, προκαλώντας κυτταρικό θάνατο. Πολλά υποχρεωτικά acidophiles είναι επίσης θερμόφιλα - οργανισμοί που αναπτύσσονται καλύτερα σε υψηλές θερμοκρασίες - και συνήθως βρίσκονται σε ηφαιστειακά εδάφη. Το Thiobacillus ferrooxidans κατατάσσεται πιθανώς ως το πιο συχνά μελετημένο οξειδωτικό οξυφιλικό βακτήριο σιδήρου.