Το οικοσύστημα Florida Keys αποτελείται από ποικίλους οικοτόπους, συμπεριλαμβανομένων των μαγγροβίων, των κοραλλιογενών υφάλων και των πεύκων, που είναι πλούσια σε μοναδικά είδη. Οι άνθρωποι είναι επίσης μέρος του οικοσυστήματος και οι δραστηριότητές τους επηρεάζουν όλους τους οικοτόπους και τα ζώα και τα φυτά που τα κατοικούν. Το οικοσύστημα Keys αποτελείται από μια μικρή έκταση γης, επομένως, οι επιπτώσεις των ανθρώπινων δραστηριοτήτων μεγεθύνονται. Οι επιπτώσεις περιλαμβάνουν τη ρύπανση των υδάτων, την αύξηση των χωροκατακτητικών ειδών, την υπεραλίευση, τις αρνητικές επιπτώσεις από τη βαρκάδα και την αστική ανάπτυξη και την παγκόσμια κλιματική αλλαγή.
Ο ανθρώπινος πληθυσμός της περιοχής που είναι γνωστός ως Νοτιοανατολική Φλόριντα ή Florida Keys έχει αυξηθεί πάνω από 3,9 εκατομμύρια από το 1970 έως το 2008. Οι πορτοκαλεώνες έχουν δώσει τη θέση τους για την ανάπτυξη κατοικιών, τα εμπορικά κέντρα, τη βιομηχανία και τους αυτοκινητόδρομους. Αυτές οι αλλαγές επέφεραν την καταστροφή των φυσικών οικοτόπων. Επιπλέον, η ρύπανση των υδάτων έχει αυξηθεί, λόγω της επεξεργασίας λυμάτων και της σηπτικής υπερχείλισης και της απορροής υδάτων που περιέχει λάδι, φυτοφάρμακα και βαρέα μέταλλα.
Το 2010 υπήρχαν 3,8 εκατομμύρια επισκέπτες στο Keys. Πολλοί από αυτούς τους επισκέπτες ασχολούνται με δραστηριότητες όπως η αλιεία. Εκτός από τους τουρίστες και τους κατοίκους που ασχολούνται με αυτές τις ψυχαγωγικές δραστηριότητες, η εμπορική αλιεία είναι μια μεγάλη βιομηχανία στην περιοχή. Η υπεραλίευση έχει εξαντλήσει τα είδη στο οικοσύστημα Keys, αφήνοντας μικρότερα ψάρια και αλλάζοντας τις αλληλεπιδράσεις του σύνθετου ιστού τροφίμων.
Η κωπηλασία στην περιοχή οδήγησε όχι μόνο σε άμεσους τραυματισμούς σε μανάτες που προκλήθηκαν από έλικες, αλλά και οι έλικες έχουν σημαδεύσει μεγάλες περιοχές της θάλασσας. Τα σκάφη τρέχουν προσαραγμένα και καταστρέφουν τους κοραλλιογενείς υφάλους καθώς οι άγκυρες ξύνονται σε αυτούς τους ευαίσθητους σχηματισμούς. Πάνω από 500 γειώσεις συμβαίνουν κάθε χρόνο στο Keys. Αυτό καταστρέφει το βιότοπο και επηρεάζει αρνητικά ολόκληρη την τροφική αλυσίδα, οδηγώντας σε περαιτέρω απώλεια ειδών.
Καθώς οι άνθρωποι κινούνται, φέρνουν μαζί τους είδη από άλλες περιοχές που μπορούν να απελευθερωθούν στο οικοσύστημα. Αυτά τα είδη μπορούν να εγκατασταθούν και επειδή δεν έχουν αρπακτικά, γίνονται πολύ επιτυχημένα, μη ανταγωνιστικά γηγενή είδη και αλλάζουν τη δυναμική ολόκληρου του οικοσυστήματος. Τα χωροκατακτητικά ζώα και φυτά στο Florida Keys περιλαμβάνουν το λιοντάρι και το γρασίδι της Γουινέας. Εκτός από όλες αυτές τις τοπικές άμεσες και έμμεσες επιπτώσεις, οι επιπτώσεις της υπερθέρμανσης του πλανήτη προβλέπεται να θερμάνουν τα νερά την περιοχή κατά 4 έως 10 βαθμούς Φαρενάιτ και αύξηση της στάθμης της θάλασσας, προκαλώντας πιθανώς αλλαγές που είναι πολύ γρήγορες για το οικοσύστημα επισκευή.
