Η Καμπότζη έχει το τρίτο υψηλότερο ποσοστό αποψίλωσης στον κόσμο, με κίνητρο τη συγκομιδή ξυλείας καθώς και τη σαφή μείωση της γεωργίας. Η αποψίλωση των δασών καταστρέφει τους οικοτόπους και διαταράσσει την ισορροπία των ευαίσθητων τροπικών εδαφών. Χωρίς δέντρα να συγκρατούν το έδαφος στη θέση τους και να αναπληρώνουν οργανική ύλη με απορρίμματα φύλλων, το έδαφος διαβρώνεται γρήγορα και χάνει μεγάλο μέρος της γονιμότητάς του τα πρώτα χρόνια καλλιέργειας.
Τα παράκτια οικοσυστήματα της Καμπότζης, πολλά από τα οποία είναι μαγκρόβια δάση που παρέχουν σημαντικούς χώρους ωοτοκίας για ψάρια και προστασία από πλημμύρες, απειλούνται από διάφορους παράγοντες. Τα παράκτια οικοσυστήματα πνίγονται από ιζήματα που ξεπλένονται από τις πρόσφατα αποψιλωμένες περιοχές στην ενδοχώρα. Αυτά τα νερά μεταφέρουν επίσης επικίνδυνα φυτοφάρμακα και λιπάσματα. Οι ανεπαρκώς ρυθμιζόμενες εκμεταλλεύσεις γαρίδων προκαλούν την απομάκρυνση των μαγγροβίων και την απελευθέρωση υπερβολικών θρεπτικών ουσιών στο νερό, με αποτέλεσμα την υπερανάπτυξη των φυκών και τη διακοπή του οικοσυστήματος.
Καθώς η Καμπότζη βιομηχανοποιείται, οι άνθρωποι συρρέουν σε αστικές περιοχές, οι οποίες αναπτύσσονται πολύ γρήγορα για να διατηρηθεί η υποδομή υγιεινής. Πολλές περιοχές δεν διαθέτουν συστήματα αποχέτευσης ή στην καλύτερη περίπτωση είναι δυσλειτουργικά. Τα λύματα και τα βιομηχανικά λύματα μολύνουν τα υπόγεια και τα επιφανειακά ύδατα σε πολλές αστικές περιοχές. Τα επικίνδυνα στερεά απόβλητα βρίσκουν συχνά τον δρόμο τους να ανοίξουν χώρους υγειονομικής ταφής όπου μπορούν να εκπλυθούν στα υπόγεια ύδατα ή να φυσήσουν από τον άνεμο.