Das Ökosystem der Florida Keys besteht aus verschiedenen Lebensräumen, darunter Mangroven, Korallenriffe und Pinien, die reich an einzigartigen Arten sind. Auch der Mensch ist Teil des Ökosystems und seine Aktivitäten wirken sich auf alle Lebensräume und die darin lebenden Tiere und Pflanzen aus. Das Keys-Ökosystem besteht aus einer kleinen Landfläche, daher werden die Auswirkungen menschlicher Aktivitäten verstärkt. Zu den Auswirkungen gehören Wasserverschmutzung, vermehrte invasive Arten, Überfischung, negative Auswirkungen durch Bootfahren und Stadtentwicklung sowie der globale Klimawandel.
Die menschliche Bevölkerung in dem als Südostflorida oder Florida Keys bekannten Gebiet ist von 1970 bis 2008 um über 3,9 Millionen gewachsen. Orangenhaine sind Wohnsiedlungen, Einkaufszentren, Industrie und Autobahnen gewichen. Diese Veränderungen haben zur Zerstörung natürlicher Lebensräume geführt. Darüber hinaus hat die Wasserverschmutzung zugenommen, verursacht durch Abwasserbehandlung und septischen Überlauf sowie Regenwasserabfluss, der Öl, Pestizide und Schwermetalle enthält.
Im Jahr 2010 gab es 3,8 Millionen Besucher auf den Keys. Viele dieser Besucher beschäftigten sich mit Aktivitäten wie Angeln. Neben Touristen und Anwohnern, die an diesen Freizeitaktivitäten teilnehmen, ist die kommerzielle Fischerei ein großer Wirtschaftszweig in der Region. Die Überfischung hat die Arten im Ökosystem der Keys dezimiert, kleinere Fische hinterlassen und die Interaktionen des komplexen Nahrungsnetzes verändert.
Bootfahren in der Gegend hat nicht nur zu direkten Verletzungen von Seekühen durch Propeller geführt, sondern Propeller haben auch große Bereiche von Seegras vernarbt. Boote laufen auf Grund und beschädigen Korallenriffe, während die Anker über diese empfindlichen Formationen kratzen. Mehr als 500 Erdungen finden jedes Jahr in den Keys statt. Dies zerstört den Lebensraum und wirkt sich negativ auf die gesamte Nahrungskette aus, was zu weiteren Artenverlusten führt.
Wenn sich Menschen bewegen, bringen sie Arten aus anderen Gebieten mit, die in das Ökosystem freigesetzt werden können. Diese Arten können sich ansiedeln und werden, da sie keine Feinde haben, sehr erfolgreich, verdrängen einheimische Arten und verändern die Dynamik des gesamten Ökosystems. Zu den invasiven Tieren und Pflanzen in den Florida Keys gehören der Rotfeuerfisch und das Guineagras. Zusätzlich zu all diesen lokalen direkten und indirekten Auswirkungen wird vorhergesagt, dass die Auswirkungen der globalen Erwärmung das Wasser in das Gebiet um 4 bis 10 Grad Fahrenheit zu erhöhen und den Meeresspiegel anzuheben, was möglicherweise zu schnellen Veränderungen für das Ökosystem führt Reparatur.
