Die Mojave-Wüste beherbergt mehrere schnell wachsende Wüstengemeinden und ist für große Bevölkerungsgruppen an der Grenze der Wüste zugänglich. Die Verschmutzung durch städtische, landwirtschaftliche und Bergbauaktivitäten wirkt sich stark auf die empfindlichen Wüstenökosysteme der Mojave aus und gefährdet auch die menschliche Gesundheit. Darüber hinaus nutzen viele Menschen die Mojave zur Erholung, was zu einer weiteren Verschlechterung führt.
Wasserverschmutzung
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Wasser ist in der Mojave eine knappe Ressource. Fast das gesamte Wasser für Wohn-, Industrie- und Landwirtschaftszwecke wird aus Grundwasser gewonnen. Wasserquellen sind bereits überbelegt. Basierend auf Projektionen des Bevölkerungswachstums wird vorhergesagt, dass die Nachfrage das Angebot in unserem Leben übersteigen wird. Die Wasserentnahme entwässert Feuchtgebiete und Flüsse und zerstört den Lebensraum für viele Fisch- und Wildtierarten, von denen einige nur in der Mojave vorkommen. Ein Teil des Wassers wird in Grundwasserleiter und Oberflächengewässer zurückgeführt, aber da dieses Wasser aus städtischen, landwirtschaftlichen und Bergbauland abfließt, ist es oft mit Chemikalien, Metallen und Nährstoffen verunreinigt.
Invasive Pflanzen
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Die Stickstoffanreicherung des Bodens, verursacht durch den Trockenfall von Schadstoffen aus der Luft, zusammen mit der Bodenstörung haben die Mojave zu einem Paradies für invasive Pflanzen gemacht. Die Verdrängung einheimischer Pflanzenarten durch invasive Arten hat viele negative Auswirkungen auf das Mojave-Ökosystem. Invasive Pflanzen sind möglicherweise nicht für einheimische Wildtiere geeignet, die oft von einheimischer Vegetation als Nahrung oder Unterschlupf abhängig sind. Mit zunehmender Diversität eingeführter Pflanzen besteht außerdem die Möglichkeit einer Invasion durch eingeführte Tiere. Einige häufige invasive Pflanzenarten sind Salzzeder, Brombeere, mehrjährige Pfefferkraut und russische Distel. Diese Arten wachsen auf viel größeren Flächen als einheimische Pflanzen und liefern zusätzlichen Brennstoff für Brände, die häufiger und intensiver werden. Dies ist ein großes Problem für Mojave-Ökosysteme, die nicht an häufiges Brennen gewöhnt sind.
Luftverschmutzung
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Es gibt zwei Hauptquellen der Luftverschmutzung in der Mojave. Der erste ist Smog, der aus angrenzenden Städten in die Wüste transportiert wird. Smog enthält hohe Konzentrationen von Kohlenmonoxid und Stickstoffdioxid sowie Ozon, Feinstaub und Metallen. Diese Luftschadstoffe verursachen schlechte Sicht, gesundheitliche Probleme und Schäden an Pflanzen und Tieren. Die zweite Quelle sind Störungen des Wüstenbodens, die durch Aktivitäten wie Offroad-Erholung, Landwirtschaft, Infrastrukturbau, militärische Trainingsübungen und Bergbauarbeiten verursacht werden. Diese Aktivitäten erzeugen Staub, der sich zu großen Wolken zusammenballen kann. Dies hat sich als besonders schädlich für die Wüstenvegetation erwiesen. In einem Artikel, der in der August-Ausgabe 1997 des „Journal of Applied Ecology“ veröffentlicht wurde, fanden Forscher heraus, dass vom Wind verwehter Staub die Photosyntheseraten von drei einheimischen Mojave-Pflanzenarten durch Verhinderung von Gasaustausch und Transpiration und dadurch verringerter Effizienz von Wasserverbrauch.
Abfallverschmutzung
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Die Mojave-Wüste ist ein wichtiger Lebensraum für die Wüstenschildkröte, die jetzt vom US-amerikanischen Fish and Wildlife Service als gefährdet eingestuft wird. Der Rückgang der Wüstenschildkröte ist ausschließlich auf vom Menschen verursachte Lebensraumveränderungen zurückzuführen. Ein in der Januarausgabe 2007 des „Western North American Naturalist“ veröffentlichter Artikel berichtet über die Auswirkungen von Müll auf Wüstenschildkröten in der Mojave-Wüste. Die Autoren weisen darauf hin, dass Tod oder Verletzung von Schildkröten, die in Streu gefangen sind oder Streu konsumieren, nicht neu ist. Nachdem sie gesehen hatten, wie eine Schildkröte einen Ballon aß, stellten sie fest, dass über einen Zeitraum von neun Monaten 178 neue Ballons in ihr Mojave-Studienzentrum geblasen wurden. Viele andere Arten von Wildtieren sind ebenfalls von weggeworfenem Müll betroffen.