Neutrofile og acidofile heterotrofe bakterier udgør størstedelen af bakterierne. Udtrykkene "neutrofil" og "acidophilic" henviser til bakteriernes optimale pH-niveau - et mål for et stofs surhed eller basalitet. For eksempel måler eddike så surt og bagepulver som base. PH-skalaen varierer fra 0 til 14 med 7, pH i rent vand, lige i midten.
Neutrofile heterotrofer
De fleste bakterier, neutrofile, lever i jord eller vand og vokser bedst ved en neutral pH mellem 6 og 8. Hvis pH varierer for langt uden for dette interval, kan neutrofile bakterier ikke overleve. De fleste bakterier, der forårsager sygdomme hos mennesker, er også neutrofile heterotrofer, der er velegnede til at overleve inde i en menneskekrop.
Acidofile heterotrofer
Acidofile bakterier vokser bedre ved lavere pH-niveauer, normalt under en pH-værdi på 6, da de har biologiske mekanismer, der gør det muligt for dem at holde deres indre pH næsten neutral. Syredrænning - den forurenede, meget sure afstrømning fra mineområder - indeholder en høj population af acidophiler, der oxiderer sulfidet, der findes i metalmalm. I henhold til Science Education Resource Center ved Carleton College udviste acidophile Ferroplasma, der blev fundet i dræning af sure miner, pH-niveauer så lave som nul.
Obligatorisk acidofile heterotrofer
Obligate acidophiles kræver en lav pH-værdi, under 4 eller 5, for at overleve. Cellemembranen af obligatoriske acidophiler opløses faktisk ved neutrale pH-niveauer og forårsager celledød. Mange obligatoriske acidophiler er også termofiler - organismer, der vokser bedst ved høje temperaturer - og ofte findes i vulkanske jordarter. Thiobacillus ferrooxidans er sandsynligvis den mest undersøgte jernoxiderende acidofile bakterie.