Måske er den vigtigste måde, hvorpå skimmelsporer adskiller sig fra bakterielle endosporer, at skimmelsvampe klassificeres som såkaldte højere svampe. Som sådan har de, hvad biologer betegner den eukaryote celletype. Bakterielle endosporer på den anden side dannes fra bakterier, der - som en gruppe - klassificeres som havende den prokaryote celletype. Forskellen mellem den prokaryote celle og den eukaryote celle er grundlæggende i biologien. I de klareste termer er bakteriecellen strukturelt en meget enklere.
Den eukaryote celle - som dem i skimmelsporer - er fyldt med et kompleks af cellulære strukturer kaldet organeller. Organeller udfører alle mulige cellefunktioner, og en af de mest iøjnefaldende organeller er kernen. Den eukaryote cellekerne i skimmelsporer indeholder det DNA, der gør det muligt for cellen at fungere og reproducere. Dette er i modsætning til bakterielle endosporer, hvor DNA'et er mere eller mindre frit i cellens cytoplasma.
Udover kernen indeholder den eukaryote skimmelsporecelle sådanne organeller som det endoplasmatiske retikulum eller ER. ER er i det væsentlige som en labyrint af foldede membraner, hvor mange biokemiske processer, der er vitale for cellen, udføres. I skimmelsporer er ER forbundet med den nukleare hylster, en membran, der omgiver cellekernen. I bakterielle endosporer mangler dette arrangement.
Bakterielle endosporer har næsten ingen af niveauet af cellulær sofistikering, der er til stede i eukaryote skimmelsporer. En anden sondring mellem bakterielle endosporer og skimmelsporer - udover deres grundlæggende celletypeforskel - er den rolle, de spiller i deres respektive organismeres livshistorier. En bakteriel endospore er en resistent struktur, der dannes inden i cellen af en bakterie. I modsætning til skimmelsporer er den bakterielle endospore specielt tilpasset til at modstå ugunstige miljøforhold. Et nøglefunktion ved bakterielle endosporer er en forbindelse kaldet dipicolinsyre. Denne forbindelse er, selvom den ikke er udbredt i skimmelsporer, medvirkende til at formidle de bakterielle endospores modstandsdygtighed over for ugunstige miljøforhold.
Der er adskillige andre forskelle mellem bakterielle endosporer og skimmelsporer. De fleste af dem har igen at gøre med den grundlæggende skelnen mellem den eukaryote og den prokaryote celle. Mange andre organeller ud over de allerede beskrevne er til stede i skimmelsporen, men fraværende i den bakterielle endospore. Disse inkluderer en struktur kaldet Golgi-apparatet og andre som den såkaldte nucleolus. Nukleolus er en struktur inden i eukaryote cellers kerne og er aktiv i proteinsyntese, der er kritisk for cellefunktion. Bakterielle endosporer udfører mange af de samme vigtige livsfunktioner som skimmelsporer, men de gør det uden fordelene ved sofistikerede organeller, der findes i skimmelsporen.