HPLC (højtydende væskechromatografi) og GC (gaskromatografi) er begge metodeforskere bruge til at analysere prøver til at bestemme, hvad prøven indeholder, eller koncentrationen af molekyler i prøve. Begge bruger det samme princip, at tungere molekyler vil eluere eller strømme langsommere end lettere (polaritet spiller også en rolle i elueringstiden). Selvom ideen er den samme, har GC og HPLC flere forskelle.
Den mobile fase
Den mobile fase af kromatografiudstyr er det stof, der bevæger prøven gennem maskinen. I HPLC er den mobile fase en væske, der består af et organisk opløsningsmiddel, ultrarent vand og andre ingredienser for at sikre dets kompatibilitet med prøven. GC bruger gas til sin mobile fase. De anvendte gasser inkluderer helium, nitrogen, argon eller hydrogen, afhængigt af hvad der analyseres.
Kolonnerne
Når prøver bevæger sig over kromatografikolonner, interagerer prøve- og mobilfasen med kolonneindholdet, hvilket får komponenterne i prøven til at eluere på forskellige tidspunkter. HPLC-søjler er typisk fire til seks tommer lange metal- eller glasrør tæt pakket med silica eller forskellige carbonkædelængder. GC-systemer har oprullede kapillarsøjler med indvendige vægge belagt med forskellige materialer afhængigt af laboratoriets behov. Strakt ud kan GC-søjler nå længder på 100 fod.
Prøverne
GC bruges til flygtige forbindelser (dem, der nedbrydes hurtigt), mens HPLC er bedre til mindre flygtige prøver. Hvis en prøve indeholder salte eller bærer en ladning, skal den analyseres ved hjælp af HPLC, ikke GC.
Temperaturkontrol
GC-søjler er anbragt i en ovn inde i maskinen. En computer ændrer temperaturen, mens prøver analyseres. Jo højere temperaturen er, jo hurtigere elueres, men for høje temperaturer giver dårlige resultater. HPLC-søjler holdes til enhver tid ved en stabil temperatur (oftest stuetemperatur).