Den primære effekt af ødelæggelse af levesteder er en reduktion i biodiversitet, der refererer til variationen og overflod af forskellige arter af dyr og planter i en bestemt indstilling. Når et dyr mister det naturlige hjem eller habitat, som det har brug for for at overleve, falder antallet hurtigt, og det bevæger sig mod udryddelse. Det anslås, at 14.000 til 35.000 arter risikerer at blive udryddet, og ødelæggelse af levesteder er en af hovedårsagerne.
Bestøvning og frøspredning
Både vilde planter og landbrugsplanter er afhængige af bestøvning til reproduktion. Frugt og grøntsager, nøglekomponenter i den menneskelige diæt, er afhængige af bier og andre insekter for at overføre pollen fra blomst til blomst. Når ødelæggelse af levesteder reducerer sorterne af disse bestøvere, falder afgrødeudbyttet også. For eksempel øger stingløse bier i Costa Rica, der kun rede i skove, udbyttet i kaffeplantager, der ligger nær skovpletter med 20 procent. Mange planter er også afhængige af dyr, især dem der spiser frugt, til frøspredning. At ødelægge levestederne for dyr af denne type kan påvirke de plantearter, der er afhængige af dem, alvorligt.
Klimaforordning
Biodiversitet påvirker klimaet primært gennem regulering af mængden af kuldioxid i atmosfæren. Ødelæggelse af skovhabitater reducerer skovenes evne til at absorbere kuldioxid. En plantes væksthastighed og træagtighed bestemmer kulstofomsætningshastigheden inden for den. Landskabsmønstre er også vigtige, da kulstofbinding er reduceret ved kanterne af skovfragmenter. Marine økosystemer spiller også en vigtig rolle i kulstofbinding.
Skadedyrsbekæmpelse
Skadedyr er ofte målrettet mod bestemte typer planter. Når levesteder ødelægges og plantediversiteten reduceres, indeholder miljøet mere af en bestemt type plante. Dette gør det lettere for skadedyr at sprede sig. Plantediversitet giver levesteder for et større udvalg af insekter og andre dyr og for skadedyrs naturlige fjender. Svampeplantesygdomme er mere alvorlige i monokulturelle områder, hvor der dyrkes en enkelt type afgrøde.
Indirekte effekter
Produktionen af mad, tøj og husly til mennesker afhænger på mange indirekte måder af økosystemernes biodiversitet. En stor mangfoldighed af landbrugsafgrøder beskytter landmændene mod afgrødesvigt. Ødelæggelse af levesteder og reduktion af artsdiversitet kan gøre økosystemer mere sårbare over for invasive arter og indirekte påvirke menneskers sundhed og trivsel. Effekten af invasive arter illustreres af, hvad der skete, da bas blev introduceret i Gatun Lake, Panama. Tilstedeværelsen af bas resulterede i reduktion af rovdyr af myggelarver og en stigning i forekomsten af malaria.
