Ferskvands- og havmiljøer markerer et primært brud i akvatiske økosystemer; havmiljøer indeholder et højt saltindhold (saltkoncentration), mens ferskvandsområder normalt indeholder mindre end 1 procent. Ferskvandsøkosystemer omfatter damme og søer samt floder og vandløb. Marine økosystemer inkluderer oceaner og koralrev.
Damme og søer
Damme og søer er relativt stille vandområder med ringe eller ingen strøm, generelt isoleret fra andre vandområder såsom floder og oceaner. De er opdelt i tre forskellige zoner: kystnære, limnetiske og dybe. Kystområdet udgør det, der er tættest på kysten. Med høj eksponering for sollys og lavt vand er dette normalt det mest biologisk forskelligartede område i en given sø eller dam, huser adskillige arter af padder, vandfugle, krebsdyr, insekter, fisk og alger såvel som både flydende og rodfæstede planter. Den limnetiske zone omfatter det område af en sø / dam, der er længere fra kysten, men alligevel tættest på vandoverfladen. Dette område er mindre forskelligartet end den lille zone, men mere end den dybe zone på grund af dens høje eksponeringsniveau for solen. Den dybe zone omfatter det dybeste område af en dam eller sø. Dybt liv er næsten udelukkende domineret af nedbrydende bakterier og plankton.
Floder og vandløb
Floder og vandløb er bevægende vandmasser, der strømmer fra en kilde, såsom en kilde eller smeltning gletscher, til en munding, som kunne være ved et hav, en større strøm eller flod eller en anden type reservoir. Når vandet bevæger sig fra kilde til mund, ændres miljøet i økosystemet drastisk. Kilden til en strøm eller flod har det højeste niveau af renhed og iltindhold. Hele vandet samler det farende vand affald i dets strøm; når vandet når munden, bliver vandet mørkt. Som et resultat trænger lidt sollys ind i overfladen, og plantelivet er knap. Fiskearter som havkat trives i disse områder og er i stand til at overleve under lave iltforhold.
Hav
Hav er nogle af de mest forskelligartede og geografisk ekspansive økosystemer på jorden. Oceanøkosystemer er opdelt i fire zoner: tidevand, pelagisk, bentisk og afgrund. Intertidevandszonen omfatter de regioner, hvor havvandene møder land. Denne zone er meget dynamisk på grund af den konstante tidevandsvirkning. Som en generel regel er artsdiversiteten højere i tidevandszoner, der oftest er nedsænket af vand. Svarende til den limnetiske zone i søer omfatter den pelagiske zone det åbne hav væk fra kysten endnu tættere på overfladen af vandet. En række fisk, vandplanter og større pattedyr bebor denne region. Benthiske og afgrundszoner udgør henholdsvis havets næstdypeste og dybeste regioner. På grund af ekstremt pres, mørke og kolde temperaturer har disse zoner meget forskellige livsformer. For at overleve en fuldstændig mangel på sollys høster planter og bakterier i afgrundsområdet kemisk energi fra termiske ventilationskanaler under havbundens overflade.
Koralrev
Koralrev økosystemer er beliggende i havet; men på grund af deres fysiske og biologiske sammensætning adskiller de sig meget fra andre marine økosystemer. Koralrev dannes i lavt vand med varme temperaturer. Mange af disse økosystemer er dannet langs bredden af kontinenter. Selvom det kan virke som en kæmpe sten, består et koralrev faktisk af levende dyrekolonier, der holder sig fast i en hård, calciumcarbonatskal. Disse kolonier har et symbiotisk forhold til zooxanthellae, en type alger, der både lever inden for og giver mad til korallerne. Selvom de omfatter relativt lidt område, er koralrev nogle af de mest biologisk forskellige økosystemer på jorden. Et enormt udvalg af svampe, krebsdyr, havanemoner, fisk, alger, vandplanter og insekter lever udelukkende i koralrev økosystemer.