Som de fleste biomer på jorden overlever savanneøkosystemet på en delikat balance mellem miljøfaktorer og forskellige arter, herunder mennesker. Alvorlig tørke kan berøve disse græsarealer for deres livgivende vand og løv, mens krybskyttere og oprindelige folk truer ofte med at forstyrre madnettet gennem drab på dyr for sport eller overlevelse.
Menneskelige aktiviteter
Menneskelige aktiviteter kan alvorligt true med at forstyrre savannens økosystemer. Uholdbar vandforbrug og vandingsmetoder kan potentielt tørre livgivende floder og vandhuller op. I regioner, hvor oprindelige mennesker regelmæssigt inkluderer buskød - vildt kød - i deres kost, er hovdyrpopulationer faldet med mærkbar hastighed. Nogle savanne dyreliv jages også som trofæer; især sorte næsehorn jages efter deres værdifulde horn. Selv nogle plantearter er høstet på grund af deres kommercielle værdi. Udskæringer lavet af afrikansk sorttræ, et savannetræ, sælges ofte på turistmarkederne.
Tørke og kraftig græsning
Langvarig, alvorlig tørke har en farlig indvirkning på et savanneøkosystem, hvor græsningsmønstre forværrer denne effekt. Kombinationen af svær tørke og græsning kan ændre et græsareal med primært spiselige flerårige græs til en savanne, der er domineret af uspiselige græs og planter. Let græssede græsarealer opretholder deres kvalitet af velsmagende, flerårige græsarter, men sammensætningen af plantearter kan stadig ændres. Eksperter har opfordret til græsningsstyringsløsninger under tørkeepisoder for at påvirke retningen for potentiel ændring mod bæredygtighed på græsarealer.
Ørkendannelse
Tropiske savanner grænser ofte til tørre ørkenområder, og spredning af ørkenlignende forhold til tørre græsarealer kaldes ørkendannelse. Denne trussel mod et savanneøkosystem inkluderer effekter forårsaget af klimaændringer, landbrugspraksis, overgræsning, aggressiv landbrugsvanding, der sænker niveauet af vandbordet væk fra planterødder, skovrydning og erosion. Hvert år bliver over 46.000 kvadratkilometer afrikansk savanne ørken. Plantning af tørkebestandige planter kunne stabilisere skiftende klitter og begynde spredning af yderligere vegetation.
Kulstofemissioner
En undersøgelse fra 2012 tilskrev "CO2-befrugtningseffekten" store stigninger i træagtig plantemasse. Forfatterne hævdede, at stigningen i hastigheden af træagtig plantevækst skyldtes stigende atmosfærisk kulstof dioxid. En dramatisk stigning i mængden af træer og buske kan true hele savannens økosystem, da disse planter bruger mere vand end græs. Naturbeskyttelse i Namibia har rapporteret, at træagtige planter har hæmmet både antilope og geparder, der jager dem - en udvikling, der kunne have ukendte konsekvenser over hele landet græsarealer.
