Seks underarter af muldyrhjorte bor i cirka 88.000 kvadratkilometer eller lidt over halvdelen af Californiens lande. De colombianske sortehalede hjorte, Rocky Mountain-muldyrhjorte og Californiens mulehjorte ligger i spredte levesteder over statens nordlige amter. Alle seks underarter ser meget ens ud med kun små forskelle i pelsfarve og markeringer.
Columbian Black-Tailed Deer
Columbian sort-tailed hjorte er de mest rigelige underarter i Californien. De forekommer i store dele af det nordlige Californien i kystområder fra Oregon-grænsen til Santa Barbara-amt og inde i landet til den vestlige skråning af Cascade-Sierra Nevada Range. Nogle af disse befolkninger er vandrende og tilbringer somre i bjergene og vintre i lavere højder. Andre, især de nær kysterne, er bosiddende året rundt. I modsætning til deres navn har colombianske sortehalehjorte helt sorte haler og en relativt lille rumpeplaster
Rocky Mountain Mule Deer
Rocky Mountain mule hjorte, det tredje mest rigelige underart i staten, forekommer primært øst for Cascade-Sierra Nevada Range i Lassen, Shasta, Siskiyou og Modoc amter. De bruger generelt vintre i Great Basin Desert, der fodrer med bitterbørste og sagebrush. Om sommeren rejser de op til 50 luft miles til højhøjdeområder i bjergene. Rocky Mountain mule hjorte er blandt de største af underarterne og har som regel de største gevirer. De har en stor, hvid stumpplade og en hale, der kun er sort ved spidsen.
California Mule Deer
Den næststørste underart i staten, Californiens mulehjorte, strækker sig langs den vestlige skråning af Sierra Nevada såvel som i bjergene San Bernardino, San Gabriel og Tehachapi. Både bosiddende og vandrende befolkninger forekommer. Californisk mulehjorte har en større rumpeplaster og mindre sort på halen end den colombianske sort-tailed hjorte. Halen kan synes at have en sort streg, der løber i længden. De forveksles ofte med sydlige mulehjorte, som har en betydeligt større sort stribe.
Hybrider
Fordi de er den samme art, kan Californiens mulehjorteundearter let krydse hinanden, når de kommer i kontakt med hinanden. I kystområder syd for San Francisco Bay-området hybridiserer mulehjorte i Californien i vid udstrækning med colombiansk sort-tailed hjorte.