Flagermus lever i regnskove over hele verden, fra Australien til Afrika og Mellemamerika. I disse områder er de nogle af de mest rigelige dyr, der findes. Ud over deres antal er de også gavnlige for økosystemet. Flagermus er imidlertid ikke uden fjender og kan falde bytte for forskellige skove, der bor i regnskoven. Rovdyr vil forfølge flagermus og fodre dem, hvor de bor eller endda midtvejs.
Falske vampyr flagermus
Den falske vampyrfladdermus, også kendt som den spektrale flagermus, er en altædende, der er kendt for at bytte andre flagermus. Det kan have et vingefang på 30 tommer eller længere. Det kaldes den falske vampyrfladdermus på grund af sine lange hundetænder, som forkert har fået folk til at tro, at det er en vampyrflagermus, og at den drikker blod. Det antages, at denne type flagermus jager andre flagermus ved hjælp af dens forbedrede lugtesans.
Slanger
På trods af deres manglende evne til at flyve har slanger som boa-constrictors evnen til at dræbe og spise flagermus. På grund af en slanges evne til at manøvrere og nå højere områder i regnskoven, kan de ofte angribe flagermus, hvor de bor, når andre landlevende rovdyr ikke kan. Slanger er også kendt for at bytte flagermus som frugtflagermus, mens de er i træer, der spiser.
Rovfugle
Rovfugle, såsom rovfugle, er nogle af de mere almindelige rovdyr af flagermus. Dette skyldes dels deres evne til at forfølge flagermus, der er på flugt. Baldakin er for eksempel ugler, der også er aktive om natten, og som ofte fanger dem, mens de flyver, bytte. For at reducere angreb fra visse natflyvende fugle kan flagermus vise månefobi eller mindske natteaktivitet, når der er fuldmåne. Ørne og høge byder også på flagermus som vampyrflagermus.
Opossums og vilde katte
I regnskoven spiser opossums ofte frugtflagermus. De vil vente på dyret nær frugttræer, eller de vil fange flagermusen, mens det er i færd med at spise. Opossums vil også vente på, at flagermus kommer frem fra, hvor de bor. Denne type dyr er også kendt for at spise hvide flagermus fra Honduras. Katte af regnskoven, såsom ocelot, byder også på flagermus for mad, hvis de støder på dem.