Fossile optegnelser viser, at mangfoldigheden af arter på planeten aldrig har været stabil. I stedet steg mangfoldigheden og faldt i naturlige cyklusser, der strakte sig over titusinder af millioner af år. Problemet, som mennesker står over for i dag, er en estimeret hastighed for arttab, der er næsten 1.000 gange større end historisk. Nedgang i biodiversitet omfatter mere end kun arttab. Det inkluderer også tab af genetisk mangfoldighed inden for arter og tab af økosystemer. Det kan betyde, at biodiversitet er blevet skadet snarere end helt tabt. Mennesker har altid udnyttet naturen, men da den globale befolkning er vokset eksponentielt i de seneste århundreder, har menneskehedens indflydelse på biodiversiteten det også.
Overudnyttelse
Talrige dyre-, hvirvelløse dyr og plantearter er udryddet eller truet på grund af menneskelig udnyttelse. Mennesker udnytter naturlige ressourcer til mad, sport, byggematerialer, medicin og kulturelle formål - og gjorde det med langt mere opgivne, før samfundet blev mere miljøbevidst. Menneskehedens forsøg på at forstå miljøet begyndte for omkring 160 år siden, og biodiversitetsspørgsmål blev først en del af den offentlige debat sent i det 20. århundrede. På dette tidspunkt var der allerede sket en masse nedgang i biodiversiteten. Nedgangen i biodiversitet fortsætter på grund af en hurtigt voksende befolkning. Habitat er beskadiget for at imødekomme voksende behov for landbrug, byudvikling, vand og materialer. Fisk, vilde dyr og planter er høstet på trods af stigende beviser for, at mange høstmetoder er uholdbare.
Forurening og global opvarmning
Forurening af terrestriske og akvatiske økosystemer med fysiske forurenende stoffer såsom kemikalier, lys og støj samt biologiske forurenende stoffer i form af invasive arter og sygdomme har forårsaget nedbrydning af økosystemet ved at ændre artsdiversitet og biomasse. Det videnskabelige samfund er fortsat splittet over, om luftforurening sammen med skovrydning kører global opvarmning. Uanset årsagen udgør det hurtige tempo i den nuværende globale opvarmning et problem for biodiversiteten. Det er sandsynligt, at mange arter ikke har tid til at tilpasse sig skiftende habitatforhold og dermed vil blive begrænset til mindre pletter af deres oprindelige habitat eller uddø. Forskere forudsiger, at klimaændringer vil øge hyppigheden af naturlige forstyrrelser og skabe mere stress for biodiversiteten.
Tab af økosystemmodstandsdygtighed
Hver gang folk beskadiger et økosystem, øger de også sandsynligheden for, at biodiversiteten vil falde som reaktion på fremtidige miljøændringer. Sunde økosystemer har funktioner, der beskytter dem mod miljøændringer. Disse træk inkluderer genetisk mangfoldighed inden for og blandt arter; økosystemforbindelse, et udtryk der henviser til mængden af intakt habitat til rådighed for planter og dyr og udbredt geografisk fordeling af populationer. En forskellig genpulje sikrer, at nogle medlemmer af en art vil have egenskaber, der gør det muligt for dem at overleve ændringer. Habitatforbindelse sikrer, at nødlidende personer har evnen til at flytte til et bedre habitat. En befolkning, der er spredt over et stort geografisk område, er mindre sårbar over for lokal forstyrrelse sammenlignet med en befolkning, hvis rækkevidde er begrænset til et lille område. Kapaciteten i nutidens økosystemer til at buffere miljøændringer, ligesom global opvarmning, er blevet reduceret betydeligt af tidligere menneskelige handlinger.
Politikproblemer
Videnskabelig forskning og overvågning af biodiversitet er dyre, så kun en lille procentdel af verdens biodiversitet undersøges. Mennesker har en dårlig forståelse af den nuværende status for biodiversitet og mindre forståelse af, hvordan biodiversitet så ud før menneskelig indflydelse. Nøjagtigt at estimere omfanget af tilbagegang med biodiversitet er derfor begrænset. På grund af mangel på videnskabeligt bevis, der skal fremlægges for beslutningstagere, mangler der ofte støtte til hårde miljølove på det politiske område. De sociale og økonomiske omkostninger forbundet med miljølove er højere for nogle samfundssektorer, hvilket gør implementeringen af sådanne love til et omstridt spørgsmål. På grund af disse vanskeligheder er love, der beskytter biodiversitet, langsomme og ofte utilstrækkelige.