Det marine økosystem er under alvorlig stress; i mange områder er de nødvendige betingelser for at opretholde livet enten i fare eller ikke-eksisterende. Ødelæggelsen af marine habitater er især udbredt langs kystlinjer, hvor menneskelige befolkninger er steget. Tab af levesteder, forurening, overfiskeri, destruktiv fiskeripraksis og global opvarmning undergraver alle havmiljøet.
Kystlinjer
Tab af levesteder, forurening, afstrømning og øget saltholdighed ødelægger koralrev, havgræs og andre levesteder for fugle og fisk. Da kystnære vådområder udfyldes for at imødekomme voksende menneskelige befolkninger, mindsker dæmningen af floder strømmen af ferskvand, bremser næringsstofafstrømningen og hæmmer vandring af fisk. Mindre ferskvand betyder øget saltholdighed i vådområder og flodmundinger, hvilket skader græsset, der renser vand, når det strømmer til havet. Erosion forårsaget af skovrydning sender silt i floder, vandløb og til sidst havet og blokerer det sollys, der er nødvendigt for koralrev for at overleve.
Overfiskning
Maksimalt bæredygtigt udbytte beregnes af fiskeribiologer for at estimere den mængde fisk, der kan høstes fra en befolkning uden at risikere dens langsigtede levedygtighed. Mellem 1974 og 1999 tredobles andelen af fiskeriet, der overstiger det maksimale bæredygtige udbytte for torsk, fra 10 procent til 30 procent. Ifølge Center for Ocean Solutions har den samlede fangst siden begyndelsen af 1990'erne været en af verdens mest produktivt fiskeri, Okhotskhavet, er faldet mellem to og to og en halv gang på grund af overfiskeri. I Stillehavet administrerer mere end halvdelen af ølandene ikke deres koralrev bæredygtigt.
Havbund
Ved hjælp af en praksis kendt som bundtrawling trækker kommercielle fiskerfartøjer store net fastgjort til tunge vægte over havbunden. Målrettede arter inkluderer rejer, torsk, tunge og skrubber, men alt langs havbunden fanges. Bundtrawl kan efterlade det marine økosystem permanent beskadiget, og bifangsten (ikke-målarter som havskildpadder, havfugle og pattedyr) kastes simpelthen overbord. Bifangst kan udgøre 90% af den samlede fangst, og truede fisk og dybhavskoraller dræbes ofte.
Forsuring
Når klimaet bliver varmere, absorberer havet mere kuldioxid, hvilket gør det mere surt. Øget surhed hæmmer marine organismeres evne til at udvikle skaller, og dette inkluderer de små dyr kaldet plankton, der danner bunden af havets fødevæv. Nogle forskere antyder, at dette også vil få nogle marine arter til at udsende færre af de svovlforbindelser, der fremmer skydannelse, hvilket afkøler jorden. Klimamodeller forudsiger, at dette vil medføre yderligere opvarmning i 0,5 grader Celsius (0,28 grader Fahrenheit) i løbet af dette århundrede.
