Ørkener indeholder en række svampe. Nogle kolonier af ørkensvampetyper kan leve i millioner af år ved at forlænge udviklingsprocessen. Andre skaber symbiotiske forhold til andre organismer for at sikre overlevelse. Ørkensvampe kan ligge i dvale i ørkenjord, indtil de forstyrres, og derefter angribe med giftige sporer, der forårsager alvorlig sygdom. Nogle typer ørkensvampe kan male ørkenlærred med dapples i lyse farver.
Lichens
Lichens, kendt som "pionerplanter", er små organismer, der kan udholde ru, varme og kolde omgivelser og tørke. En lichs krop eller thallus består af alger og svampe, der vokser sammen i et symbiotisk forhold. Algerne leverer næringsstoffer til svampen, og svampen beskytter algerne mod atmosfæriske forhold.
Lichens kan vokse på usædvanlige overflader såsom sand, klipper, jord, dyreben og rustent metal. Lichens vokser i en række farver såsom nuancer af rød, orange, gul, grøn og brun. Mere end et dusin svampearter kan vokse på en sten.
Cirka 15.000 lavarter er kendt. Visse lav som crustose-lav (en skorpelignende svamp) kan leve i hundreder eller tusinder af år på grund af en langsom vækstrate. Crustose lav kan udvikle sig på klipper. Visse lav er truet, fordi forurenet luft og regnvand kan ødelægge alger og dræbe svampepartneren.
Mycorrhizae
Mycorrhizae er fungale plantesystemer, der udvikler et symbiotisk forhold til planterødderne. Rødderne giver de nødvendige næringsstoffer og et sted, hvor svampene kan fastgøre deres tråde. Svampene beskytter planten mod angreb som patogener, og deres tråde fungerer som et rodsystem for at hjælpe planten med at modtage yderligere vand og næringsstoffer. Når forholdet er udviklet, kan en plante afhænge af Mycorrhizae, når dens næringsstoffer ophører.
Mycorrhizae er opdelt i to typer - ectomycorrhizae og endomycorrhizae. Ectomycorrhizae producerer en belægning omkring en plantes rødder. Belægningen vokser hyfer (trådlignende bestanddele af svampens krop) i rødderne og derefter ned i jorden. Endomycorrhizae-tråde vokser ind i cellerne og derefter i jorden. Svampen forbedrer tørkebestandighed, sygdomsimmunitet og næringsstofoptagelse for værtsplanten.
Svampe
Podaxis, eller ørken lurvet manke, findes Sonoran-ørkenen og andre ørkener rundt om i verden. Podaxis er relateret til svampefamilien Agaricaceae. Svampen ligner en puffball; det er træagtigt og fibrøst. Podaxis 'frugtlegeme stammer fra ørkenjord, sandjord og vejkanter efter regntiden. Men hvis der ikke kommer regn, kommer frugtkroppen ikke frem. Pileus (hætte) forbliver lukket under udviklingsprocessen for at beskytte det frugtbare væv, gæller og dobbeltvæggede sporer mod tørring.
Coccidioides
Slægten Coccidioides er en jordsvamp, der består af to arter - Coccidioides immitis og Coccidioides posadasii. Begge arter findes i ørkenjorden i Nord- og Sydamerika. Hver art skaber hyfer og sporer i jorden. Når jorden, der indeholder sporer, forstyrres af mennesker eller naturlige angreb som støvstorme, bliver sporene luftbårne. Indånding af sporer kan forårsage en ikke-smitsom svampeinfektion kaldet Coccidiodomycosis eller dalfeber. I utallige tilfælde, hvis utallige sporer fra begge arter inhaleres, kan det være dødelig.