Akvatiske økosystemer består af interagerende organismer, der bruger hinanden og det vand, de opholder sig i eller i nærheden af næringsstoffer og husly. Akvatiske økosystemer er opdelt i to hovedgrupper: hav- eller saltvand og ferskvand, undertiden kaldet indre eller nonsalin. Hver af disse kan opdeles yderligere, men marine typer er mere typisk grupperet sammen end ferskvandsøkosystemerne.
Det største økosystem
Hav er de største af økosystemerne og dækker mere end 70 procent af jordens overflade. Havets økosystem er opdelt i fire forskellige zoner. Den dybeste zone i dette marine økosystem, Abyssal-zonen, har koldt vand med højt tryk med højt iltindhold men lave næringsstoffer. Rygge og åbninger på havbunden, der udsender hydrogensulfid og mineraler, findes i denne zone. Over afgrundszonen er den bentiske zone, et næringsrig lag, der indeholder tang, bakterier, svampe, svampe, fisk og anden fauna. Over dette er den pelagiske zone, i det væsentlige det åbne hav, som indeholder vand med et bredt temperaturområde, overfladetang og mange fiskearter samt nogle pattedyr. Intertidevandszonen, hvor havet møder land, er dækket af vand under højvande og er jordbaseret under lavvande, så det understøtter unik vegetation og dyreliv.
Regnskove i havet
Koralrev dækker kun en lille brøkdel af jordens overflade og kun en lidt større procentdel af havbunden, men understøtter en lang række forskellige vandlevende liv. Revbyggende koraller findes kun i lavvandet subtropisk og tropisk vand. Korallerne er vært for fotosyntetisering af alger og får det meste af deres mad fra disse alger, hvilket giver mulighed for tilstrækkelig vækst til at danne store strukturer, der skaber værdifulde levesteder. Stigende vandtemperaturer og øget forsuring af vand forbundet med stigninger i kuldioxid er de største trusler, koralrev står over for. På lokalt plan truer overhøstning af koraller og overfiskning koralrev, ligesom invasive arter og forurenet afstrømning gør.
Ser på kystlinjer
Ligesom koralrev er flodmundinger undertiden grupperet med oceaner for at udgøre det marine økosystem. Flodmundinger opstår, hvor saltvand fra havet og ferskvand, der strømmer fra floder eller vandløb, mødes og skaber et unikt habitatorienteret omkring vand, der har en varieret saltkoncentration og har høje niveauer af næringsstoffer, der skyldes, at sedimenter deponeres af floder eller strømme.
Søer og damme
Søer og damme, vandområder med forskellige overfladearealer og volumener, er også kendt som lentiske økosystemer og er kendetegnet ved manglende vandbevægelse. Ligesom oceaner er søer og damme opdelt i fire forskellige zoner: kystnære, limnetiske, dybe og bentiske. Lys trænger ind i den øverste af disse, den kystnære, som indeholder flydende og rodfæstede planter. De andre zoner spiller også hver især unikke roller i økosystemet.
Strømmende ferskvand
Floder, vandløb og åer er klassificeret som lotiske økosystemer. Disse økosystemer er kendetegnet ved strømmende ferskvand, der bevæger sig til en større flod, sø eller hav og er til stede i løbet af en del af eller hele året rundt. På grund af vandets bevægelse har floder og vandløb tendens til at indeholde mere ilt end deres lentiske slægtninge og har værtsarter, der er tilpasset det bevægelige vand.
Våde jordarter og vandelskende planter
Vådområder er ferskvandsøkosystemer, der er kendetegnet ved tilstedeværelsen af vand, som kan være flere meter dybt eller simpelthen mætte jorden, ofte med sæsonudsving. Visse jordtyper kendt som vandbund, der er forskellige fra andre jordarter og plantearter tilpasset våde forhold, karakteriserer også vådområder. Vådområder er meget vigtige for at regulere vandniveauer, filtrere vand og forbedre vandkvaliteten, reducere farer for oversvømmelse og give planter og dyr værdifulde levesteder.