Filippinerne er et land rig på biodiversitet og endemisme med mange naturressourcer, der bidrager til økonomien og lokalsamfundene. Dens kystlinjer og kysttyper er af særlig betydning, idet fiskeri, landbrug og industri er afhængige af landets vandveje og havmiljø. Trusler mod tab af habitat og biodiversitet kommer fra forskellige metoder, herunder rydning af land, uholdbart fiskeri og forurening.
Tab af skovdækning
Mellem 2000 og 2005 mistede Filippinerne lidt over to procent af skovdækket om året. Dette var den næsthøjeste sats i Sydøstasien. Fra 2005 blev det antaget, at kun tre procent af den primære skov var tilbage. Hurtig skovrydning resulterer i forskellige trusler mod økosystemet, herunder tab af biodiversitet, jorderosion, oversvømmelser, jordskred og nedsat vandkvalitet. Skove er truet af kommerciel minedrift og skovhugst.
Nedbrydning af koralrev
Filippinerne er et globalt center for marin kystlinjes biodiversitet. Ulovlig indsamling og eksport af koraller og levende revfisk har resulteret i betydelige skadelige virkninger på biodiversitet, koralrevtilstand, havgræsdækning og antal fisk. Kun 5 procent af revene bevarer over 75 procent levende koraldækning. Destruktive fiskerimetoder omfatter overfiskeri, trawlfiskeri, dynamitfiskeri og cyanidfiskeri, hvor cyanid opløses i vand og sprøjtes ned i koralrev, mens andre trusler kommer fra forurening og erosion.
Trusler mod mangrover
Trusler mod mangrover inkluderer overhøstning, forurening og frihøjde for landbrug og menneskelig bosættelse. Rejeopdræt resulterer i næsten irreversibel og økonomisk dyr skade på området, hvilket er endnu mere bekymrende, fordi reebedrifter bliver urentable efter blot tre til fem år. Mangroveødelæggelse er også forbundet med nedbrydning af koralrev, da rev beskytter mangroverne mod stærke bølger og strømme, der vasker det fine sediment, som mangrover vokser på.
Tab af biodiversitet
Filippinerne betragtes som et megabiodiversalt land. Det har en masse unik flora og fauna; faktisk er næsten halvdelen af landjordens hvirveldyr og op til 60 procent af dets vaskulære planter unikke for landet. Hastigheden for tab af biodiversitet afspejles i nogle chokerende fund. Fra 2006 blev lidt over 20 procent af hvirveldyrearter bedømt som truet af Den Internationale Union for Bevarelse af Naturen. Omkring 127 fuglearter betragtes som truede, og den indfødte filippinske kakadue, der engang var udbredt, er nu kritisk truet.