Mikroskopet har eksisteret i meget lang tid. Opfundet i det 16. århundrede har teknologien været i en konstant forbedringsproces siden. Længe siden det overgik den enkle klassiske model af glasrøret, anvendes mikroskopet i dag i en række forskellige sammenhænge i projekter, der er så forskellige som bil- og lægemiddelindustrien. De naturlige grænser for det menneskelige øje udvides konstant for at udføre industriens grundlæggende opgaver.
Delene involveret i komplicerede moderne maskiner såsom biler er blevet så små, at brugen af et mikroskop er uundgåelig. Ved hjælp af et mikroskop, der er specielt designet til opgaven, kan ingeniører vurdere selv det mindste udstyr for mangler og brud. Mikroskoper bruges også på denne måde til at inspicere dele af maskiner såsom ure og de motorer, der bruges til at drive skibe og fly.
Teknikering af materialer er blevet stadig mere kompleks, da nye materialer udvikles til den bredeste vifte af opgaver. Ved hjælp af specialdesignede materialer har ingeniører forbedret alt fra bygningskonstruktion til emballeringsmateriale til det tøj, som folk bærer. Mikroskopet har været afgørende i denne proces, så eksperter har mulighed for at inspicere de meget grundlæggende former for de materialer, de skaber. Brugen af mikroskopet bliver kun vigtigere med nye nanomaterialer.
Mikroskoper har altid været et afgørende værktøj inden for lægeprofessionen. Mikroskoper tillod den verdensændrende opdagelse af kimteori, der reddede utallige liv. I dag anvendes mikroskoper til observation af bakterier og mikrober samt i udviklingen af nye kemikalier og medicin, der bruges til at bekæmpe sygdomme. Udviklingen af nye lægemidler understøttes i høj grad med brugen af kraftige mikroskoper.