Snad nejdůležitějším způsobem, jak se spóry plísní liší od bakteriálních endospór, je to, že plísně jsou klasifikovány jako takzvané vyšší houby. Jako takové představují to, co biologové nazývají typ eukaryotických buněk. Bakteriální endospory se naproti tomu tvoří z bakterií, které jsou - jako skupina - klasifikovány jako ty, které mají typ prokaryotických buněk. Rozdíl mezi prokaryotickou buňkou a eukaryotickou buňkou je v biologii zásadní. Stručně řečeno, bakteriální buňka je strukturálně mnohem jednodušší.
Eukaryotická buňka - stejně jako ve sporách plísní - je plná komplexu buněčných struktur zvaných organely. Organely provádějí všechny druhy buněčných funkcí a jednou z nejnápadnějších organel je jádro. Eukaryotické buněčné jádro spór plísní obsahuje DNA, která umožňuje buňce fungovat a reprodukovat se. To je na rozdíl od bakteriálních endospór, ve kterých je DNA v cytoplazmě buňky víceméně volná.
Kromě jádra obsahuje buňka spór eukaryotické formy takové organely, jako je endoplazmatické retikulum nebo ER. ER je v podstatě jako bludiště složených membrán, ve kterých se provádí mnoho biochemických procesů životně důležitých pro buňku. Ve sporech plísní je ER spojen s jaderným obalem, membránou, která obklopuje buněčné jádro. V bakteriálních endosporech toto uspořádání chybí.
Bakteriální endospory nevykazují prakticky žádnou úroveň buněčné sofistikovanosti přítomnou ve sporech eukaryotických plísní. Další rozdíl mezi bakteriálními endospórami a spórami plísní - kromě rozdílu jejich základních buněčných typů - je role, kterou hrají v životních historii jejich příslušných organismů. Bakteriální endospora je rezistentní struktura, která se tvoří v buňce bakterie. Na rozdíl od spór plísní je bakteriální endospóra speciálně upravena tak, aby odolávala nepříznivým podmínkám prostředí. Klíčovým rysem bakteriálních endospór je sloučenina zvaná kyselina dipikolinová. Tato sloučenina, i když se v spórech plísní nevyskytuje, slouží ke zprostředkování odolnosti bakteriálních endospór vůči nepříznivým podmínkám prostředí.
Mezi bakteriálními endospórami a spórami plísní existuje řada dalších rozdílů. Většina z nich má opět co do činění se základním rozlišením mezi eukaryotickou a prokaryotickou buňkou. Mnoho dalších organel kromě těch, které již byly popsány, je přítomno ve sporech plísní, ale chybí v bakteriálních endospórech. Patří mezi ně struktura zvaná Golgiho aparát a další, jako je takzvaný nukleolus. Nukleolus je struktura uvnitř jádra eukaryotických buněk a je aktivní při syntéze proteinů kritických pro funkci buněk. Bakteriální endospory vykonávají mnoho stejných základních životních funkcí jako spóry plísní, ale dělají to bez výhod sofistikovaných organel obsažených ve sporech plísní.