Ekosystém Florida Keys se skládá z různých stanovišť, včetně mangrovů, korálových útesů a borovic, které jsou bohaté na jedinečné druhy. Lidé jsou také součástí ekosystému a jejich aktivity ovlivňují všechna stanoviště a zvířata a rostliny, které je obývají. Ekosystém Keys se skládá z malé oblasti půdy, proto jsou dopady lidské činnosti zesíleny. Dopady zahrnují znečištění vody, zvýšené invazivní druhy, nadměrný rybolov, negativní účinky plavby lodí a rozvoje měst a globální změnu klimatu.
Lidská populace v oblasti známé jako jihovýchodní Florida nebo Florida Keys vzrostla od roku 1970 do roku 2008 o více než 3,9 milionu. Oranžové háje ustoupily bytové výstavbě, nákupním centrům, průmyslu a dálnicím. Tyto změny způsobily ničení přírodních stanovišť. Kromě toho se zvýšilo znečištění vody způsobené čištěním odpadních vod a přepadem septiků a odtoků dešťové vody, které obsahují ropu, pesticidy a těžké kovy.
V roce 2010 navštívilo klíče 3,8 milionu návštěvníků. Mnoho z těchto návštěvníků se zabývalo aktivitami, jako je rybolov. Kromě turistů a obyvatel zapojených do těchto rekreačních aktivit je v této oblasti velkým průmyslovým odvětvím komerční rybolov. Nadměrný rybolov vyčerpal druhy v ekosystému Keys, zanechal menší ryby a změnil interakce složité potravní sítě.
Plavba v této oblasti vedla nejen k přímým zraněním kapustňáků způsobeným vrtulemi, ale vrtule také zjizvily velké plochy mořských řas. Lodě najížděly na mělčinu a poškozovaly korálové útesy, když se kotvy škrábaly přes tyto jemné útvary. Více než 500 uzemnění se vyskytne každý rok v klíčích. To ničí stanoviště a negativně ovlivňuje celý potravní řetězec, což vede k další ztrátě druhů.
Když se lidé pohybují, přinášejí s sebou druhy z jiných oblastí, které se mohou uvolnit do ekosystému. Tyto druhy se mohou usadit a protože nemají žádné predátory, stávají se velmi úspěšnými, konkurenčními původními druhy a měnící dynamiku celého ekosystému. Mezi invazivní zvířata a rostliny na Florida Keys patří perutýn a guinejská tráva. Kromě všech těchto místních přímých a nepřímých dopadů se předpovídá vlivy globálního oteplování na ohřev vod oblast o 4 až 10 stupňů Fahrenheita a zvýšit hladinu moře, což může způsobit změny, které jsou pro ekosystém příliš rychlé opravit.