Lyse je slovo, které pochází z řečtiny a znamená pouze „rozdělit se“ nebo „prasknout“. se týká toho, co se stane s buňkami v lyzačním pufru, řešení, které je rozbije a extrahuje je obsah. Vědci používají lyzační pufry při extrakci DNA nebo proteinů z buněk k analýze, zejména v případě bakterií. Typ pufru pro lýzu buněk se liší v závislosti na druhu experimentu, i když níže jsou uvedeny některé běžné možnosti.
TL; DR (příliš dlouhý; Nečetl)
Lysické vyrovnávací paměti pomáhají rozbít otevřené buňky, takže k jejich obsahu lze přistupovat nebo jej odebírat. Některé příklady zahrnují soli, detergenty, chelatační činidla a inhibitory a některé alkalické chemikálie.
Pufr a sůl
Pufry stabilizují pH, zatímco se buňky dělí. Tris-HCL je jednou z nejběžnějších chemikálií pro pufrování při pH 8. HEPES je další běžná pufrovací chemická látka v těchto experimentech. Sůl chloridu sodného může také zvýšit iontovou sílu, celkovou koncentraci rozpuštěných látek mimo buňky. Tento poslední bod má určitou důležitost, protože voda může difundovat přes buněčné membrány z oblastí s nízkou koncentrací rozpuštěné látky do oblastí s vysokou koncentrací rozpuštěné látky.
Rozpouštění čisticích prostředků
Detergenty rozpouštějí buněčné membrány, takže může unikat obsah buňky. Mají a amfipatickou molekulární strukturu (tj. Molekuly s jedním koncem, který snadno interaguje s molekulami vody, zatímco druhý hydrofobní nebo „vodou se bojící“ konec ne). Mohou rozpouštět tuky tvorbou micel, malých shluků, kde hydrofobní ocasy molekul detergentu směřují dovnitř směrem k molekulám tuku. Mezi běžné detergenty patří dodecylsulfát sodný nebo SDS, NP-40 a tritonX.
Chelatační činidla a inhibitory
Lyzační pufry typicky také zahrnují chelatační činidla, jako je kyselina ethylendiamintetraoctová (EDTA) nebo kyselina ethylenglykoltetraoctová (EGTA). Tyto chemikálie se vážou na kovové ionty se dvěma kladnými náboji (např. Hořčík a vápník), čímž jsou nedostupné pro další reakce. Mnoho DNAóz (bílkovin, které žvýkají DNA) a proteáz (bílkovin, které rozdělují jiné bílkoviny) potřebují ionty hořčíku EDTA a EGTA pomáhají snižovat hladinu proteázy nebo DNAsy aktivita. Nevylučují to úplně a některé proteázy nezávisí na kofaktorech hořčíku, takže lyzační pufry někdy také zahrnují chemikálie nazývané inhibitory proteázy, které se vážou na proteázy a brání jim ve fungování správně.
Alkalická lyza
Alkalická lýza, velmi běžná technika čištění plazmidů z bakterií, zahrnuje tři řešení. První obsahuje glukózu, pufr tris-HCL, EDTA a RNAsy. Glukóza vytváří vysokou koncentraci rozpuštěných látek mimo bakterie, takže jsou trochu ochablé, což usnadňuje jejich lyžování. Funkce EDTA a tris-HCL fungují, jak již bylo popsáno, zatímco RNAáza rozžvýká jakoukoli RNA uvnitř buňky, aby ji odstranila z cesty. Druhé řešení skutečně lyžuje buňky. Ten obsahuje SDS detergent a NaOH, který zvyšuje pH na 12 nebo vyšší, denaturuje proteiny uvnitř buňky a způsobuje rozdělení DNA na jednotlivé řetězce. Třetí roztok obsahuje octan draselný k obnovení pH na neutrálnější úroveň, aby se řetězce plazmidové DNA mohly znovu spojit. Mezitím se denaturované proteiny shlukují a srážejí, zatímco přicházejí dodecylsulfátové ionty společně s ionty draslíku za vzniku nerozpustné sloučeniny, která se také vysráží z roztoku.