Sladkovodní a mořské prostředí představuje hlavní zlom ve vodních ekosystémech; mořské prostředí obsahuje vysokou úroveň slanosti (koncentrace soli), zatímco sladkovodní oblasti obvykle obsahují méně než 1 procento. Sladkovodní ekosystémy zahrnují rybníky a jezera, stejně jako řeky a potoky. Mořské ekosystémy zahrnují oceány a korálové útesy.
Rybníky a jezera
Rybníky a jezera jsou relativně klidná vodní tělesa s malým nebo žádným proudem, obvykle izolovaná od jiných vodních ploch, jako jsou řeky a oceány. Jsou rozděleny do tří odlišných zón: litorální, limnetické a profundální. Pobřežní zóna představuje to, které je nejblíže ke břehu. Při vysokém vystavení slunečnímu záření a mělkým vodám je to obvykle biologicky nejrozmanitější oblast v daném jezeře nebo rybníku, chovat několik druhů obojživelníků, vodních ptáků, korýšů, hmyzu, ryb a řas a také plovoucí a zakořeněné rostliny. Limnetická zóna zahrnuje oblast jezera / rybníka, která je dále od břehu, ale nejblíže k hladině vody. Tato oblast je méně rozmanitá než pobřežní zóna, ale více než oblast hluboká kvůli vysoké úrovni vystavení slunci. Hluboká zóna zahrnuje nejhlubší oblast rybníka nebo jezera. V pozemském životě téměř výlučně dominují rozkládající se bakterie a plankton.
Řeky a potoky
Řeky a potoky jsou pohybující se vodní útvary, které tečou ze zdroje, jako je pramen nebo tání ledovec, k ústí, kterým může být oceán, větší potok nebo řeka nebo nějaký jiný typ nádrž. Jak voda cestuje od zdroje k ústům, prostředí ekosystému se drasticky mění. Zdroj potoka nebo řeky má nejvyšší úroveň čistoty a obsahu kyslíku. Proudící voda na své cestě shromažďuje trosky ve svém proudu; v době, kdy voda dosáhne úst, začne být kalná. Výsledkem je, že na povrch proniká malé sluneční světlo a život rostlin je vzácný. V těchto oblastech se daří druhům ryb, jako jsou sumci, kteří jsou schopni přežít v podmínkách s nízkým obsahem kyslíku.
Oceány
Oceány jsou jedny z nejrozmanitějších a geograficky nejrozsáhlejších ekosystémů na Zemi. Oceánské ekosystémy jsou rozděleny do čtyř zón: přílivové, pelagické, bentické a hlubinné. Přílivová zóna zahrnuje oblasti, kde se oceánské vody setkávají s pevninou. Tato zóna je díky dynamickému přílivu a odlivu velmi dynamická. Obecně platí, že druhová rozmanitost je vyšší v přílivových pásmech, které jsou nejčastěji ponořeny vodou. Podobně jako v limnetické zóně v jezerech, pelagická zóna zahrnuje otevřený oceán od pobřeží, ještě blíže k povrchu vody. V této oblasti žije celá řada ryb, vodních rostlin a větších savců. Bentické a hlubinné zóny zahrnují druhou a nejhlubší oblast oceánu. V důsledku extrémního tlaku, temnoty a nízkých teplot se v těchto zónách nacházejí velmi odlišné formy života. Aby přežily úplný nedostatek slunečního světla, rostliny a bakterie v hlubinné zóně získávají chemickou energii z tepelných otvorů pod hladinou oceánského dna.
Korálové útesy
Ekosystémy korálových útesů se nacházejí v oceánu; ale vzhledem ke svému fyzickému a biologickému složení se velmi liší od ostatních mořských ekosystémů. Korálové útesy se tvoří v mělkých vodách s teplými teplotami. Mnoho z těchto ekosystémů se vytvořilo podél břehů kontinentů. Ačkoli se to může zdát jako obrovská skála, korálový útes ve skutečnosti sestává z kolonií živých zvířat, které se fixují v tvrdé skořápce uhličitanu vápenatého. Tyto kolonie mají symbiotický vztah se zooxanthellae, druhem řas, které žijí uvnitř a poskytují potravu pro korály. I když pokrývají relativně malou plochu, korálové útesy jsou jedny z biologicky nejrozmanitějších ekosystémů na Zemi. Nesmírná rozmanitost hub, korýšů, mořských sasanek, ryb, řas, vodních rostlin a hmyzu žije výhradně v ekosystémech korálových útesů.