Fosílie jsou konzervovány dvěma hlavními způsoby: se změnami a bez nich. Konzervace se změnami zahrnuje karbonizaci, zkamenění, rekrystalizaci a výměnu. Konzervace beze změn zahrnuje použití forem a shromažďování nepřímých důkazů.
Karbonizace
Ke karbonizaci často dochází při ochraně rostlin a měkkých organismů. Zbytky rostliny nebo zvířete jsou rozdrceny pod tíhou skály. Plyny, včetně vodíku, dusíku a kyslíku, jsou odplyňovány procesem tepla a stlačení. Zůstal po něm uhlíkový film, dojem bývalého živého tvora.
Zkamenění
Někdy se označuje jako permineralizace, ke zkamenění dochází, když se porézní materiál, jako je kost nebo obal, naplní konzervačním materiálem, jako je uhličitan vápenatý nebo oxid křemičitý. Původní skořápka nebo kost se pohřbí pod zemí a voda pronikne na povrch. Podzemní voda obsahuje uhličitan vápenatý, který vyplňuje prázdná místa v materiálu, který postupem času ztvrdne a zaplní póry plné minerálů, které předmět konzervují.
Rekrystalizace
Rekrystalizace se často vyskytuje ve fosilních obalech a je to proces, kterým krystaly malé molekuly uvnitř pláště často tvořeného jedním typem uhličitanu vápenatého se může transformovat na jiný typ vápníku uhličitan. To stabilizuje skořápku a přemění ji na fosilii.
Výměna, nahrazení
Vyskytuje se jak u měkkýšů, tak u dřeva, nahrazením je, když je atomové složení původního živého tvora nahrazeno buňkou buňkou novou chemickou strukturou. Chemická látka, která nahrazuje původní, je typicky určena spodní vodou, ve které fosilie leží. Běžným typem náhrady je silifikace. Tehdy jsou původní živé zbytky nahrazeny oxidem křemičitým jako v případě zkamenělých lesů.
Casting
Lití a lití jsou nepřímým způsobem zachování fosilií. V tomto případě nepřímé znamená, že se chemické složení organické hmoty nezmění, ale spíše se v ní vytvoří látka, která na hmotu působí dojmem. Mezi běžné příklady patří odlitky listů kapradiny a šnečí ulity.
Stopové fosilie
Stopové fosilie jsou dalším typem nepřímého uchovávání fosilií. Příkladem stopových fosilií jsou stopy a stopy. Dinosauři a další prehistorická zvířata se pohybovali podrostem a po vrchní půdě, která byla později pokryta dalšími úlomky. V některých případech byly jejich stopy zachovány a lze je vyhrabat a vyříznout ze země. Dalším příkladem stopové fosilie je zvířecí trus. Zachovaný fosilizovaný trus poskytuje odborníkům na fosilie důkazy o starodávných zdrojích potravy a struktuře prehistorického zažívacího systému.