Nachází se částečně v severních Andách s pobřežím v Tichém oceánu a Karibském moři, Jedinečná geografie Kolumbie vytváří pět vysoce odlišných ekosystémů uvnitř jejích hranic: alpská tundra nebo paramo; deštný prales; vysokohorské oblačné lesy; pobřežní regiony; a pláně - nebo los llanos. Protože Kolumbie je tak blízko rovníku, neprochází významnými sezónními výkyvy.
Paramos
Paramos jsou vysokohorské tropické ekosystémy, které vědecká komunita teprve začíná chápat. Výzkum ukázal, že tyto jedinečné ekosystémy generují nové druhy rychleji než jakýkoli jiný ekosystém na Zemi. Kolumbijští paramosové jsou domovem 68 druhů frailejones, kvetoucích rostlin, které zachycují vodu z projíždějících mlh. Spolu s lišejníky a mechy ekosystému, frailejones filtrují a regulují vodu, která nakonec prochází dolů do nižších poloh Kolumbie. Kolumbijští paramosové jsou také domovem asi 5 000 dalších jedinečných druhů rostlin.
Cloudové lesy
Kolem pod paramosy ve výšce sedí kolumbijské oblačné lesy. Tyto lesy jsou zahrnuty v národním parku Las Orquídeas v zemi, pojmenovaném podle více než 200 druhů orchidejí, které se tam nacházejí. Mrakové lesy také obsahují mnoho dalších druhů pocházejících z Kolumbie, včetně druhů jaguára, pumy, opic, jelenů, ptáků, netopýrů a hmyzu. Mrakové lesy jsou také domovem ohroženého medvěda brýlí. Vědci se domnívají, že změna klimatu může mít vliv na to, že medvědí oblíbené rostliny mohou jíst - nutit je, aby hledali potravu stále hlouběji a případně je mohli konkurovat jiným druhům.
Amazonský deštný prales
Přibližně třetinu Kolumbie pokrývá Amazonka; stejně jako zbytek největšího deštného pralesa na světě je tato oblast domovem mnoha jedinečných druhů. V roce 2013 vědci odhalili objev dvou nových druhů v kolumbijské Amazonii: Cercosaura hypnoides a Callicebus caquetensis. Cercosaura hypnoides je malá černá ještěrka považovaná za ohroženou a Callicebus caquetensis je jedním z asi 20 druhů opic titi žijících v Amazonii. Když jsou tyto opice miminka, projevují spokojenost a náklonnost mrnčením, jako koťata.
Pobřežní oblasti
Pobřežní oblasti Kolumbie, které leží na hranici vodních a suchozemských ekosystémů, jsou domovem především mangrovových lesů. Vzhledem k velkému objemu rozkládající se organické hmoty jsou tyto pobřežní ekosystémy domovem velkého počtu ryb. Mangrovové lesy obsahují četné druhy mangrovů a narůstající populaci mořských mlžů a měkkýšů; místní komunity často sklízejí mlže známé jako piangua hembra. V těchto mangrovových lesích obývá řadu savců, včetně tygří kočky, nutrie a divokých prasat známých jako „tatabro“.
Los Llanos (Plains)
Travní porosty, neboli Los Llanos, leží primárně kolem povodí řeky Orinoco, které je zasazeno mezi Kolumbií a Venezuelou. Samotná řeka je domovem domorodého a ohroženého krokodýla Orinoka, o kterém je známo, že dosahuje délky 23 stop. Dalšími ohroženými druhy Los Llanos jsou želva Orinoco, vydra obrovská, pásovec obrovský a orel mořský. Roviny také hostí mnoho stěhovavých ptáků, jako jsou žlutoploutví a několik druhů sandpiper.
