При гел електрофорезата пробите от ДНК или протеини се разделят - обикновено въз основа на размера - чрез прилагане на електрическо поле, което ги кара да мигрират през гел. Използването на гел електрофореза е рутина в лабораториите за биомедицински изследвания и се използва за отговори на различни въпроси, така че всъщност няма универсален начин за анализ на резултатите.
Различни техники като Western blotting, Northern blotting и Southern blot, например, всички включват гел електрофореза.
Ако го правите агарозен гел електрофореза на ДНК проби, най-често срещаният вид процедура, обикновено ще трябва да направите поне две неща: 1) да различавате необрязани плазмиди от вложки, нарязани плазмиди и изрязани плазмиди и, 2) оценяват размера на различните ДНК фрагменти със стандартна крива Excel или калкулатор.
Проверете вашия лабораторен бележник, за да определите кои проби са били заредени в кои ленти. Когато заредите ямките за вашия гел, трябваше да отбележите идентичността на всяка лента / проба.
С помощта на линийка измерете разстоянието на вашата снимка от кладенците до багрилото за проследяване, което ще стане са пътували по-далеч от която и да е от ДНК лентите (с други думи, тя ще бъде в дъното на гел). Запишете този номер - мерните единици, които използвате, не са важни.
Измерете разстоянието на вашата снимка от кладенците до всяка от лентите в "стълбата", след което разделете това разстояние на изминатото разстояние от проследяваща боя банда. Това изчисление ви дава относителната подвижност на всяка лента.
Пример: Да предположим, че лентата за проследяване на багрилото е изминала 6 инча и имаме три ленти, които са изминали 5, 4,5 и 3,5 инча.
Каква е относителната им мобилност? Отговор: Разделяме 5, 4,5 и 3,5 на 6, за да получим относителна подвижност от 0,833, 0,75 и 0,5833.
Производителят ви дава размера на всеки фрагмент в доставените от тях стълби, така че вече трябва да разполагате с тази информация.
Използвайте функцията Trendline на вашата програма за електронни таблици, за да приведете уравнение към данните. Това уравнение трябва да бъде уравнение на мощността (напр. X ^ -2) и трябва да пасва относително добре на данните (R-коефициент от най-малко 0,9). Това създава крива и стандартна крива Excel.
Не забравяйте, че по-малките фрагменти на ДНК се движат по-далеч през гела, отколкото големите фрагменти на ДНК, така че най-близките до проследяващото багрило ще бъдат най-малките. Имайте предвид обаче, че ако плазмид (кръгова) ДНК е неразрязана, тя ще стане „суперспирална“ или усукана като телефонен кабел, което всъщност ще я накара да пътува по-далеч отколкото линейна ДНК със същия размер.
По същия начин, "нарязан" плазмид, който е бил изрязан непълно, ще пътува a по-къс разстояние от линейната ДНК със същия размер. Следователно не можете да изчислите размера на необрязаните плазмиди от вашия гел.
Съчетайте лентите във всяка лента с идентичността на пробата, която сте заредили в тази лента, и определете дали това, което виждате, е това, което бихте очаквали. Това ще зависи от естеството на вашия експеримент.
Като цяло обаче, ако усвоите инсертен плазмид с два рестрикционни ензима, бихте очаквали, че инсертът ще бъде освободен от плазмида.
Тъй като той е много по-малък от плазмида, бихте очаквали да видите две ленти в тази лента, едната близо до върха, а другата надолу близо до дъното. Разрязването на плазмид само с един рестрикционен ензим трябва да образува само една лента, която пътува малко по-далеч от плазмида, нарязан с две рестрикционни ензими, но далеч до вложката.
Измерете разстоянието от кладенците до изрязания плазмид и поставете ленти с линийката си. Разделете тези числа на изминатото разстояние от проследяващото багрило, за да намерите относителна подвижност на вложките и нарязаните плазмиди.