Бактериите са малки едноклетъчни организми, които са едновременно полезни и вредни за хората. Някои форми на бактерии ни помагат да живеем, като тези, които помагат за разграждането на храната в червата. Други форми, като бактериите, причиняващи Бубонната чума, могат да убият човек, ако не се лекуват. Има много различни видове бактерии и те дишат чрез различни методи. Двата основни метода на бактериално дишане са аеробно дишане и анаеробно дишане.
Аеробно дишащите форми на бактерии изискват кислород, за да живеят. Те използват кислорода като гориво, за да подпомогнат изгарянето на енергия и да им осигурят енергията, необходима за живота. Този тип бактериално дишане е от същия вид, който хората използват, оттук и терминът "аеробни упражнения". Основният страничен продукт на аеробното дишане от бактериите е въглеродният диоксид.
Много видове бактерии дишат анаеробно. С други думи, те могат да преминат през процеса на дишане без кислород. Вместо да използват кислород, за да им помогнат да изгорят енергията в храната си, тези видове бактерии използват други естествени химикали, за да създадат химични реакции и да освободят енергията, от която се нуждаят. Обичайните използвани в природата химикали включват нитрати, сулфати и въглероден диоксид. Анаеробното дишане при бактериите обикновено създава много странични продукти. Много от тези странични продукти могат да бъдат токсични или опасни за хората и включват етанол и водород.