През 19-ти век таксономията - класификацията на живите организми - беше най-яростната биология. Както любителите, така и професионалните натуралисти бяха толкова завладени от лудостта да събират и идентифицират същества, че редки бръмбари бяха гореща стока. По това време малко се знаеше за микроорганизмите и тяхното място в света на живите същества и класификацията на микробиологията не получи толкова внимание. През следващите десетилетия се наблюдава драстично нарастване на познанията за микробите и методите за идентифициране на микроорганизми, като част от това увеличение се демонстрира от ефективната класификация на микроорганизми.
Компоненти на таксономията
Таксономията има три компонента: номенклатура, класификация и идентификация. Номенклатурата просто присвоява име на даден вид. Класификацията е групиране на видовете според общи характеристики - някои от които са физически, а други биохимични. Идентификацията е използване на характеристики на даден организъм, за да се определи къде принадлежи в класификационна схема. Съвременната таксономична схема има най-голямата, най-приобщаваща група домейните. Най-малката група е видът. От най-приобщаващите до най-специфичните, нивата се движат по следния начин: домейн, царство, тип, клас, ред, семейство, род и вид. Вие например сте Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Микроорганизми и домейни
Микроорганизмите са изключително разнообразни. Те не се определят от някакъв определен вид структура или функция, а просто от техния размер. Микроорганизмите са толкова водолази, че попадат в трите различни класификации от най-високо ниво - и трите области. Единият домейн са бактерии, другият е архея, а последният е еукария. Всички членове на домейните на бактериите и археите са едноклетъчни микроорганизми. И двете са клетки без мембрани, разделящи генетичния им материал от останалата част от клетката - мембрани, които определят ядрото. Така че всички царства, типове, класове, ордени, семейства, родове и видове в домейните на бактериите и археите са микроорганизми.
Едноклетъчни протисти
Еукария са организми, чиито клетки съдържат ядро. Много еукариотни организми са едноклетъчни микроорганизми, но много други - като дървета от секвоя или вие - не сте. Така че са необходими допълнителни класификации. Царството Protista в домейна Eukarya е съставено само от едноклетъчни микроорганизми. Протистите са разделени на три различни групи фила: четири различни водорасли, четири различни протозои и две различни плесени. Но всички организми в тази фила - всички в царството Protista - са микроорганизми.
Микроскопични гъби
Кралството Гъби се съдържа в домейна Eukarya. Някои от филите в гъбите съдържат микроорганизми. Например видът Zygomycota съдържа микроскопични плесени за хляб, а видът Ascomycota съдържа дрожди и вредители и паразити от микробни култури. Лишеите са симбиотично събрание на гъбички и фотосинтетичен организъм - съдържащи се отчасти в царството Гъби и отчасти в други царства или дори други домейни.