Учените имат способността да секвенират молекулата на ДНК; с други думи, те могат да определят реда на нуклеотидните бази във всяка дадена молекула. Последователността на молекулата на ДНК може да бъде първата от редица стъпки, необходими, за да се разбере как специфичен нуклеотидите в молекула на ДНК взаимодействат помежду си и кодират различни характеристики в организъм. Процесът на секвениране на ДНК е по-скоро включен, но автоматичните ДНК секвенсори намаляват до минимум необходимото човешко участие поне за част от процеса.
Приготвяне на пробата
За да работи автоматичен ДНК секвенсор, той трябва да открие четирите нуклеотидни основи, изграждащи ДНК: аденин, гуанин, тимин и цитозин. Учените многократно копират парче ДНК и използват рестрикционни ензими, за да нарежат ДНК на парчета с различни размери. След това те добавят малко количество флуоресцентно маркирана основа към всяка партида ДНК. Основата, която е или аденин, тимин, гуанин или цитозин, ще се свърже с нейния основен комплемент в края на нишката. Например, аденинът ще се свърже с нишки, завършващи с тимин, а гуанинът ще се свърже с нишки, завършващи с цитозин.
Автоматично изграждане на ДНК секвенсор
Автоматичен ДНК секвенсер е изграден подобно на ДНК секвенсер, изискващ повече ръчен труд. По-конкретно, автоматичният ДНК секвенсор е резервоар, дълъг около 1 фут, с 96 ямки с гел, в които може да се излее ДНК. В автоматичен ДНК секвенсер, точно както във всеки ДНК секвенсор, ДНК се инжектира в геловите ямки в горната част на резервоара и към този край на резервоара се прилага отрицателен заряд. Отрицателният заряд дава силен тласък на ДНК нишките да изминат различни разстояния до края на резервоара.
Автоматично инжектиране
Автоматичен ДНК секвенсор автоматично инжектира партиди ДНК в горната част на гела. Като такъв той спестява на изследователите огромно количество време и усилия. След инжектирането на партидите, секвенсерът автоматично прилага отрицателен заряд към единия край на резервоара, което кара нишките да мигрират на различни разстояния през гела. Различните разстояния отразяват различните размери на ДНК нишките, преминаващи през гела.
Детектор
Много автоматични машини за секвениране на ДНК са създадени за откриване на флуоресцентното багрило върху нишките на ДНК, преминаващи през гела. По този начин те могат да идентифицират нуклеотидите, които са в краищата на нишките, и да ги запишат в компютъра. Секвенсерите обаче в най-добрия случай представят объркана версия на ДНК нуклеотиди. След като използвате автоматична машина за секвениране на ДНК, трябва да преминете през процес, наречен „довършителни работи“, при който комбинация от компютри и изследователите сортират резултатите от ДНК веригата за откриване, за да съберат данните в изчерпателно описание на ДНК направление. Не е изненадващо, че този процес може да отнеме много повече време от действителния процес на секвениране.