Уестърн блотингът е една от най-често срещаните процедури в биохимичните лаборатории. По принцип той отделя протеини от проба по размер, след което тества с помощта на антитела, за да определи дали даден протеин присъства. Това е полезно не само в научните изследвания, но и в медицинските или диагностични лаборатории; тестовете както за ХИВ, така и за лаймска болест, например, включват тест за ензимно свързан имуносорбентен тест (ELISA), последван от Western blot, ако тестовете за ELISA са положителни. Въпреки популярността си обаче, Western blotting има няколко недостатъка.
Количествено
Класическите западни петна са количествени. С други думи, макар че те могат да кажат на изследователите дали даден протеин присъства, те не позволяват да се определи количествено колко от протеина присъства. Някои биотехнологични компании сега продават комплекти, които дават възможност на изследователите или лаборантите да определят количествено количеството протеин, присъстващ със стандартна крива - но това работи само ако са чисти проби от същия протеин на разположение. Освен това, молекулното тегло на протеин може да бъде оценено само с Western blot, вместо да бъде точно определено, както при масспектрометрията.
Антитела
Western blot може да се извърши само ако са налични първични антитела срещу протеина, който представлява интерес. Докато антитела за много различни протеини се предлагат от биотехнологични компании, те не са евтини; ако за даден протеин не са налични първични антитела, няма да е възможно да се извърши Western blot, търсейки този конкретен протеин. Освен това изследователите може да искат да определят дали даден протеин е модифициран по някакъв начин - дали е бил фосфорилиран (имал ли е фосфатна група, прикрепена към нея), например - и с техниката Western blot се нуждаят от антитела, специфични за модифицираните протеин.
Обучение
Може да бъде предизвикателство да се направи вестерн блот правилно и да се получат добри резултати, така че персоналът трябва да бъде добре обучен. В това, както и в много други неща, опитът е може би най-добрият учител; дори за опитен техник, обаче, Western blot отнема много време. Например, частта от експеримента с гел електрофореза обикновено отнема от един до два часа. Други задачи могат да се изпълняват, докато гелът работи, разбира се, но експериментът все още отнема доста време, за да се получат резултати.
Други ограничения
Антителата понякога могат да проявяват някакво нецелево свързване, което може да доведе до по-лоши резултати. Освен това, с Western blot, вие използвате антитяло срещу специфичен протеин, така че вашите резултати ще ви кажат само дали този протеин е присъствал. Масовата спектрометрия с висока разделителна способност, напротив, разкрива всички протеини, присъстващи в пробата, и за разлика от класическото Уестърн блотинг е количествена. Важно е да запомните, разбира се, че масовата спектрометрия е много по-скъпа и също така по-трудна за техническо използване в сравнение с Уестърн блотинг.