Гелната електрофореза е техника, която позволява да се анализира ДНК на нивото на съставните й молекули. При този метод за визуализация на ДНК пробите се поставят върху агарозна гел среда и върху гела се прилага електрическо поле. Това кара фрагментите на ДНК да мигрират през гела с различни скорости в съответствие с техните електрохимични свойства.
Етидиев бромид
За тази техника на визуализация етидиев бромид се смесва с агарозен прах, EDTA буфер и вода, за да образува гел матрицата преди електрофореза. В резултат на това молекулите на етидиев бромид се разпределят равномерно по цялата матрица. След като ямките на гела са напълнени със съответните им проби от ДНК и проследяващи багрила, се прилага напрежение за бавно изтегляне на големите, полярни съединения през матрицата.
По време на това движение основите на ДНК молекулите временно се свързват с частиците благодарение на заряда на етидиев бромид, като ги влачат. По времето, когато гел електрофорезата приключи, всяка молекула на ДНК се е събрала със значително количество етидиев бромид.
В присъствието на ултравиолетова светлина етидиев бромид проявява флуоресценция. Техниците осветяват специално калибрирана UV светлина през гела, докато машината улавя картината на светещите фрагменти.
Метиленово синьо
Ако ултравиолетовият транслюминатор не е наличен или практичен, техниците могат да направят ДНК видима при нормални условия чрез накисване на готовия агарозен гел с електрофорезирана ДНК вътре в разтвор на метиленово синьо за една нощ.
Хлоридна сол със значително хидрофобен анион, молекулите на метиленово синьо проникват през цялата матрица на гела. Водородната връзка в ДНК обаче кара молекулите на петна да се натрупват. Тази увеличена плътност на ДНК оцветяване дава по-дълбок нюанс на синьото, видим с просто око.
Проследяващи багрила
Освен относителния размер на ДНК лентите, техниците могат да измерват абсолютния размер (в двойки основи) на всеки фрагмент с помощта на химикали, наречени проследяващи багрила. Видими без добавяне на метиленово синьо или етидиев бромид, проследяващи багрила като бромофенолово синьо и ксилен цианол се движат през арагозни гел матрици по време на електрофореза със същата скорост като ДНК фрагменти, състоящи се от 300 нуклеотида и 4000 нуклеотида, съответно. При електрофорезата по-масивни ДНК фрагменти преминават през матрицата на гела с по-ниска скорост от по-малки фрагменти. Следователно, докато проследяването на багрилата не влияе пряко на видимостта на ДНК фрагменти, сравнявайки позицията на ДНК фрагмент в гела до позицията на тези багрила позволяват на техниците да "видят" приблизителния брой нуклеотиди ДНК фрагмента съдържа.
