Двете прокариотни царства са Eubacteria и Archaea. Прокариотът е сравнително прост едноклетъчен организъм; по-сложните организми (включително всички многоклетъчни организми) са еукариоти. Преди това е имало само едно царство на прокариотите, известно като Monera. Въпреки това, тъй като учените откриха нови и по-странни форми на живот, трябваше да се създаде ново царство.
Характеристики на прокариота
В сравнение с еукариотите, прокариотите са относително прости, едноклетъчни организми. Прокариотите имат само част от количеството ДНК като еукариоти и им липсват по-сложни органели като митохондриите. Важно е, че ДНК на прокариот не се съдържа в ядрото (което е основното разграничение между прокариоти и еукариоти), а вместо това е свободно плаващо в клетката. Прокариотите могат да участват както в сексуално, така и в безполово размножаване, а някои имат хлоропластови органели, които им позволяват да си произвеждат собствена храна чрез процеса на фотосинтеза.
Евбактерии
Кралството Eubacteria е прокариотното царство, което е известно повече от сто години, главно защото това са бактериите, които причиняват болести при хората (известни също като a патоген). Има хиляди известни видове еубактерии, макар че те обикновено се подразделят по техните форми: пръчковидни, спирални и сферични. Евбактериите са важни за глобалната екосистема, тъй като разграждат мъртвия органичен материал до азот, който след това се връща в атмосферата и се използва за оплождане на растенията.
Архея
Кралството Архея е сравнително ново прокариотно царство и неговите организми се различават от еубактериите поради средата, в която живеят. Археите се различават от почти всички други форми на живот, тъй като те могат да оцелеят в екстремни среди, като например на дъното на морски отвори или в кисела вода. Подобно на еубактериите, има голямо разнообразие от видове Archaea, като някои от тях притежават способности, които не се срещат при нито един други организми, като Halobacterium, който използва солена вода за захранване на протонна помпа, която й дава енергия.
Вируси
Въпреки приликите си с еубактериите и археите, вирусите не се считат за прокариотни организми и по този начин те нямат свое царство. Въпреки че имат генетична информация, кодирана в ДНК като прокариоти, вирусите не притежават други органели, нито се държат като прокариоти. Вирусите трябва да се придържат към клетките на други организми, за да се размножават; тази липса на независимо средство за възпроизвеждане е важна причина, поради която вирусите не се класифицират като организъм.