Може би най-важният начин, по който спорите на плесени се различават от бактериалните ендоспори, е, че плесените се класифицират като така наречените висши гъби. Като такива те включват това, което биолозите наричат тип еукариотни клетки. Бактериалните ендоспори, от друга страна, се образуват от бактерии, които - като група - са класифицирани като притежаващи прокариотния клетъчен тип. Разликата между прокариотната клетка и еукариотната клетка е основна в биологията. Най-ясно казано, бактериалната клетка е структурно много по-проста.
Еукариотната клетка - като тези в спорите на плесени - е пълна с комплекс от клетъчни структури, наречени органели. Органелите изпълняват всякакви клетъчни функции и един от най-забележимите органели е ядрото. Еукариотното клетъчно ядро на спорите на плесени съдържа ДНК, която позволява на клетката да функционира и да се размножава. Това е за разлика от бактериалните ендоспори, при които ДНК е повече или по-малко свободна в цитоплазмата на клетката.
Освен ядрото, споровата клетка на еукариотната плесен съдържа такива органели като ендоплазмен ретикулум или ER. ER по същество прилича на лабиринт от сгънати мембрани, в който се извършват много биохимични процеси, жизненоважни за клетката. В спорите на плесени ER е свързан с ядрената обвивка, мембрана, която заобикаля клетъчното ядро. При бактериалните ендоспори това устройство липсва.
Бактериалните ендоспори практически нямат нивото на клетъчна сложност, присъстващо в спорите на еукариотните плесени. Друго разграничение между бактериални ендоспори и спори на плесени - освен основната им разлика в типа клетки - е ролята, която те играят в историята на живота на съответните им организми. Бактериалната ендоспора е устойчива структура, която се образува в клетката на бактерията. За разлика от спорите на плесени, бактериалната ендоспора е специално пригодена да устои на неблагоприятните условия на околната среда. Ключова характеристика на бактериалните ендоспори е съединение, наречено дипиколинова киселина. Това съединение, макар и да не преобладава в спорите на плесени, допринася за посредничеството на устойчивостта на бактериалните ендоспори към неблагоприятни условия на околната среда.
Съществуват множество други разлики между бактериалните ендоспори и спорите на плесени. Повечето от тях отново са свързани с основното разграничение между еукариотната и прокариотната клетка. Много други органели освен вече описаните присъстват в спорите на плесента, но липсват в бактериалната ендоспора. Те включват структура, наречена апарат на Голджи и други като така нареченото ядро. Ядрото е структура в ядрото на еукариотните клетки и е активно в синтеза на протеини, критично за клетъчната функция. Бактериалните ендоспори изпълняват много от същите жизненоважни функции като спорите на плесени, но го правят без предимствата на сложните органели, присъстващи в спорите на плесените.