Екосистемата на Флорида Кийс се състои от разнообразни местообитания, включително мангрови гори, коралови рифове и борови земи, които са богати на уникални видове. Хората също са част от екосистемата и тяхната дейност засяга всички местообитания и животните и растенията, които ги обитават. Екосистемата Keys се състои от малка площ земя, поради което въздействието на човешките дейности се увеличава. Въздействието включва замърсяване на водата, увеличен брой инвазивни видове, прекомерен риболов, отрицателни ефекти от лодката и градското развитие и глобалните климатични промени.
Човешкото население в района, известен като Югоизточна Флорида или Флорида Кийс, се е увеличило с над 3,9 милиона от 1970 до 2008 година. Портокаловите горички са отстъпили място на жилищни сгради, молове, промишленост и магистрали. Тези промени доведоха до унищожаване на естествените местообитания. Освен това се е увеличило замърсяването на водата, причинено от пречистване на отпадъчни води и септично преливане и оттичане на дъждовна вода, което съдържа петрол, пестициди и тежки метали.
През 2010 г. има 3,8 милиона посетители на ключовете. Много от тези посетители се занимаваха с дейности като риболов. В допълнение към туристите и жителите, които се занимават с тези развлекателни дейности, търговският риболов е голяма индустрия в района. Прекомерният риболов е изчерпал видовете в екосистемата Keys, оставяйки по-малки риби и променяйки взаимодействието на сложната хранителна мрежа.
Разходките с лодка в района са довели не само до директни наранявания на ламантини, причинени от витла, но и пропелерите са наранили големи площи морска трева. Лодките се наводняват и повреждат кораловите рифове, докато котвите остъргват тези деликатни образувания. Всяка година в ключовете се случват повече от 500 заземявания. Това унищожава местообитанията и влияе отрицателно върху цялата хранителна верига, което води до по-нататъшна загуба на видове.
Докато хората се движат, те носят със себе си видове от други райони, които могат да бъдат освободени в екосистемата. Тези видове могат да се настанят и тъй като нямат хищници, стават много успешни, конкуриращи се местни видове и променят динамиката на цялата екосистема. Инвазивните животни и растения във Флорида Кийс включват лъвчетата и гвинейската трева. В допълнение към всички тези местни преки и косвени въздействия, се очаква ефектите от глобалното затопляне да затоплят водите в зоната с 4 до 10 градуса по Фаренхайт и повишаване на морското равнище, което може да доведе до промени, които са твърде бързи за екосистемата ремонт.