През 1800 г. Грегор Мендел предсказва как гените работят, за да предават физически черти на потомството и изчислява вероятностите за някои признаци, които се наследяват. Въпреки че учените дори не откриха съществуването на гени по-късно, основните принципи на Мендел се оказаха верни. Реджиналд Пънет разработи квадрата на Пънет като графичен метод за изчисляване на вероятността за наследяване въз основа на принципите на Мендел. Не е нужно да разбирате статистиката и вероятността да изчислявате с квадрат на Пънет; просто създайте квадрата и наблюдавайте резултатите, за да определите вероятността потомство да наследи определена черта.
Напишете генотипа на единия родител над квадрата, като използвате главна буква за доминиращия алел и малка буква за рецесивния алел. Напишете единия алел над лявото поле, а другия алел над дясното поле. Помислете за примера на квадрат Punnett за цвят на очите с кафяви очи като доминиращи и сини очи като рецесивни. Ако родителят има генотип с един доминиращ и един рецесивен алел, напишете "B" над едно поле за доминиращия алел и "b" над другото поле за рецесивен алел.
Напишете генотипа на другия родител вляво от квадрата. Поставете единия алел вляво от горната кутия, а другия алел вляво от долната кутия. Ако генотипът има два рецесивни алела, например, напишете "b" до всяка кутия.
Попълнете всяко поле с алелите, написани по-горе и вляво от него. Ако горната лява кутия има "B" отгоре и "b" отляво, например, напишете "Bb" в полето. Ако горното дясно поле има "b" отгоре и "b" отляво, напишете "bb" в полето. Направете същото за двете долни кутии.
Пребройте броя на кутиите, съдържащи поне един доминиращ алел. В случай на един родител с генотип Bb и един родител с генотип bb, кутиите съдържат Bb, bb, Bb и bb. Две от кутиите в този случай имат доминиращ алел.
Разделете броя на кутиите с доминиращ алел на четири и умножете резултата по 100, за да получите процентната вероятност потомството да има доминираща черта. Например (2/4) * 100 = 50, така че има 50 процента шанс потомството да има кафяви очи.
Извадете процентния шанс за доминиращата черта от 100, за да получите процентната вероятност потомството да покаже рецесивната черта. Например 100 - 50 = 50, така че има 50 процента шанс потомството да има сини очи.