Река Мисисипи е дом на различни водни растения и животни в сложна, взаимосвързана екосистема. Водните растения осигуряват храна и подслон за много различни видове в реката и могат да бъдат толкова малки, колкото едноклетъчните водорасли. Река Мисисипи включва редица животни, от безгръбначни до риби, жаби и други.
Водорасли
Според Министерството на природните ресурси на Айова, Мисисипи е домакин на два основни вида водорасли: зелени и синьо-зелени. Зелените водорасли са основният биологичен компонент на всяка здрава екосистема; те създават големи колонии, които могат да дадат на водата зеленикав глас. Синьо-зелените водорасли са по-малко желани и се считат за неприятни водорасли. Те са свързани със стресирани екосистеми и могат да причинят неприятен вкус на рибите или да убият цели популации.
Пачица
Това често срещано свободно плаващо растение има едно миниатюрно листо и корени, които висят във водата, за да изсмукват хранителните вещества. Както е посочено от името му, патицата е важен източник на храна за много водолюбиви птици.
Водни лилии
Белите водни лилии са често срещано място в река Мисисипи и са съставени от големи, плаващи листа с кожена текстура. Те дават големи бели цветя на върха на листата и са вкоренени в калта отдолу.
Речен рак
Наричани още раци или раци, тези ракообразни приличат на малки омари. Те са предимно дънни хранилки и консумират остатъци от други животни, мърша и малки животни. В река Мисисипи живеят както местни, така и инвазивни раци.
Сом
Каналските сомове са често срещана гледка в река Мисисипи. Те са най-многобройният вид сом. Тези риби могат да растат до изненадващи размери и да се придържат предимно към дъното на реката. Те се отличават със склонността си да удрят много различни видове стръв, но трябва да се ядат рядко поради опасността от замърсяване с ПХБ (полихлориран бифенил).
Леопардова жаба
Тези петнисти жаби се наричат още ливадни жаби. Те живеят в и около река Мисисипи. Те често служат като екологични индикаторни видове поради тяхната чувствителност към замърсители и замърсители. Те прекарват по-голямата част от времето си в покрайнините на потоци и други водни басейни и ядат предимно насекоми, членестоноги и други безгръбначни.