Дори учените не са на 100 процента сигурни как точно се образуват аметистните геоди - или как се образуват някакви геоди. Не е имало много изследвания, защото геодите са просто забавни научни аномалии с малко, ако има такива, научни ползи. Те са скали, които изглеждат обикновени отвън, но когато се отворят, разкриват кухина в средата, пълна с красиви кристали. Общият научен консенсус е, че аметистовите геоди се създават в двуетапен процес. Първо, има образуване на кухина и след това образуване на кристали.
Аметистовият геод е куха скала с аметистови кристали, облицоващи вътрешните стени, така че първо трябва да се образува кухината. Това може да се случи навсякъде, където има или е била лава близо до земната повърхност. В резултат на това аметистови геоди могат да бъдат намерени на хиляди места по света. Първата стъпка в естествения процес, който създава аметистови геоди, е образуването на газови кухини в лавата. Газовите кухини могат да се образуват от мехурчета (точно както карбонизацията причинява мехурчета в содата ви). Някои учени теоретизират, че кухините могат да се образуват и при охлаждане на лава в близост до корени на дървета или други неща, стърчащи от земята. Охлаждащата лава се втвърдява напълно, преди да се запълни около изхода, създавайки кухина.
След това кухините се запълват с богата на силициев диоксид течност, която съдържа следи от желязо. С течение на времето тази течност образува кристали - шестстранни пирамиди (ромбоедри) на аметист. Кристали с цвят, който варира от светло люляк до наситено лилаво, се образуват, когато в течността има следа от желязо, което води до аметистови геоди.