Абиотичната характеристика е нежив компонент на екосистемата, който влияе върху начина, по който живите същества процъфтяват. Водните биоми включват океан, езера, реки, потоци и езера. Всяко водно тяло, което крие живот, е воден биом. Водните биоми са домакин на много абиотични характеристики, но са особено зависими от пет от тези характеристики.
Слънчева светлина
Слънчевата светлина е жизненоважна за фотосинтезата, която формира основата за повечето хранителни вериги във водните биоми. В плитките води наличното количество слънчева светлина до голяма степен зависи от променящите се фактори, като сезона, облачността и местната география. В дълбоките води на океана и някои езера обаче слънчевата светлина прониква само една част от пътя към дъното, оставяйки огромни заливи с вода в пълен мрак. По-голямата част от океана изобщо не получава слънчева светлина. Животът на тези дълбини до голяма степен зависи от потъването на остатъците от по-плитките екосистеми.
Температура
В малките водни басейни температурата може да варира значително между деня и нощта и по сезон. Организмите трябва да бъдат подготвени да се справят с тези колебания или да отмират. В големите езера и дълбоките океани температурата е функция на дълбочината. Тъй като слънчевата светлина намалява с дълбочина, водата става по-студена и температурата по-малко зависи от повърхностните условия. Дълбоко в океана температурата пада почти до нулата и остава невероятно стабилна. Изключение правят малките „острови“ с прегрята вода, осигурени от вулканични отвори на дъното на океана, които развиват свои собствени тясно специализирани екосистеми.
Химичен състав
Двете най-важни химикали, които се разтварят във вода, са кислородът и въглеродният диоксид. Кислородът е необходим за поддържане на животните и някои форми на водорасли, докато въглеродният диоксид е необходим за поддържане на растителния живот. Ако балансът между тези два химикала бъде отхвърлен, резултатът може да бъде масово отмиване на растителен или животински живот. Химичният състав на водата също се влияе от местните почвени условия и оттока от човешки дейности. Лекото повишаване на нивата на някои химикали може да бъде изключително вредно за водните организми.
Терен
Съвсем различни екосистеми са се развили, за да се възползват от подводния терен. Бавната река с кално дъно ще приютява съвсем различна популация от риби, отколкото поток, течащ бързо и ясно над скалите. Океанът приютява разнообразни популации, зависими от коралови рифове, пясъчни брегове, скалисти островни планини или простора на открития океан. Често видът зависи от повече от един терен в жизнения си цикъл, въпреки че някои са специалисти, които не могат да оцелеят извън тесен диапазон от терени.
Нарушаване на водата
Нарушенията на водата могат да бъдат под формата на вълни, течения или движение на реки. Количеството смущения, претърпено от водно тяло, определя количеството кислород и въглероден диоксид, които се разтварят от атмосферата, разслояването на температурата от повърхността до по-големи дълбочини и въздействието на химикали, присъстващи в вода. Едно езеро ще има по-тесен и по-строго дефиниран набор от температурни пластове, отколкото поразен от вълни океан, докато изискванията на живота в бързо течаща река се различават и от двете.
