Морската екосистема е под силен стрес; в много области условията, необходими за поддържане на живота, са или застрашени, или не съществуват. Унищожаването на морските местообитания е особено разпространено по крайбрежието, където популациите на човека са се увеличили. Загуба на местообитания, замърсяване, прекомерен риболов, разрушителни риболовни практики и глобално затопляне подкопават морската среда.
Брегови линии
Загубата на местообитания, замърсяването, оттичането и повишената соленост унищожават кораловите рифове, морските треви и други местообитания за птици и риби. Тъй като крайбрежните влажни зони се запълват, за да се настанят нарастващите човешки популации, затрупването на реки намалява потока на сладка вода, забавя оттока на хранителни вещества и възпрепятства миграцията на рибите. По-малко сладка вода означава повишена соленост във влажните зони и устията, което вреди на тревите, които пречистват водата, докато тече към морето. Ерозията, причинена от обезлесяването, изпраща тиня в реките, потоците и в крайна сметка в океана, блокирайки слънчевата светлина, необходима за оцеляването на кораловите рифове.
Прекомерен риболов
Максималният устойчив добив се изчислява от риболовните биолози, за да се изчисли количеството риба, което може да бъде добито от популация, без да се рискува дългосрочната му жизнеспособност. Между 1974 г. и 1999 г. делът на риболова, надминал максималния устойчив добив на атлантическа треска, се е утроил от 10 на 30 процента. Според Центъра за океански решения от началото на 90-те години общият улов в един от най-големите в света продуктивният риболов, Охотско море, е намалял между два и два и половина пъти поради прекомерен риболов. В Тихия океан повече от половината от островните държави не управляват устойчиво своите коралови рифове.
Морско дъно
Използвайки практика, известна като дънно тралене, търговските риболовни кораби влачат големи мрежи, прикрепени към тежки тежести през морското дъно. Насочените видове включват скариди, треска, морски език и камбала, но всичко по морското дъно е уловено. Траленето отдолу може да остави морската екосистема трайно повредена и приловът (нецелеви видове като морски костенурки, морски птици и бозайници) просто се изхвърля зад борда. Приловът може да възлиза на 90% от общия улов и често се избиват застрашени риби и дълбоководни корали.
Подкисляване
Докато климатът се затопля, океанът абсорбира повече въглероден диоксид, което го прави по-кисел. Повишената киселинност инхибира способността на морските организми да развиват черупки и това включва малките животни, наречени планктон, които формират основата на хранителната мрежа на океана. Някои изследователи предполагат, че това също ще накара някои морски видове да отделят по-малко от сярните съединения, които насърчават образуването на облаци, което охлажда Земята. Климатичните модели прогнозират, че това ще доведе до 0,5 градуса по Целзий (0,28 градуса по Фаренхайт) на допълнително затопляне през този век.