Кораловият риф е разнообразна среда, която обхваща широка хранителна мрежа. Трофичните нива в коралов риф описват позицията на хранене на растенията и животните, които изграждат тази екосистема. Растенията, които са в състояние да създават собствена енергия, са първични производители. Тревопасни животни, същества, които ядат първични производители, съставляват второто ниво. Месоядните заемат крайните нива.
Първични производители
Първичните производители формират основата на екосистемата на кораловите рифове. Съставена предимно от морски растения, тази група произвежда собствена храна и следователно не разчита на друго животно или растение за оцеляване. Повечето първични производители са фотосинтетични, което означава, че те преобразуват енергията от слънцето за собствено препитание.
Фитопланктонът, коралиновите водорасли и водораслите са фотосинтетични първични производители, които обикновено обитават кораловия риф. В дълбоки рифови райони, в които липсва слънчева светлина, производителите извършват хемосинтез, за да направят собствена храна. Тези организми са в състояние да преобразуват неорганичните съединения, като черното желязо и сероводорода, в използваема енергия. Археите са един пример; тези едноклетъчни микроорганизми се поддържат чрез процес на химическо превръщане в най-тъмните коралови рифове.
Първични потребители
Първичните потребители разчитат на първичните производители за издръжка. Това са тревопасните животни в екосистемата. Растителноядният зоопланктон, най-много от основните консуматори, са малки морски организми. Зоопланктонът обхваща широк спектър от организми. Някои плават по повърхността на океана, други са способни да плуват, а трети са малките на по-големи животни.
Камбалата е пример за риба, която започва живота си като зоопланктон. Детската камбала не може да плува, така че те плуват и се хранят с планктон. След като камбалата узрее в риба, тя се установява на океанското дъно и вече не е ограничена до растителноядна диета. Други първични консуматори включват коремоноги, като морски охлюви, гъби и морски таралежи. Основните консуматори са по-големите видове, като растителноядни раци и зелени морски костенурки. Тревопасни риби като папагали, хирурги и тригери и правят домовете си в кораловия риф.
Вторични потребители
Вторичните потребители ядат първични потребители. Това са месоядни животни, които също се ядат от месоядни животни. Някои морски животни, като пеперуди, папагали, рибки и коралови охранни раци консумират корали и впоследствие се наричат кораливоядни.
Омарите и скаридите-богомолки съществуват от бентосни безгръбначни, които са животни, които живеят на океанското дъно и нямат гръбначен стълб. Примери за бентосни безгръбначни включват мекотели, анемони и различни видове червеи. Вторичните консуматори, които ядат риба, се наричат рибоядни. Рибите, мекотелите и членестоногите са примери за вторични консуматори, които са рибоядни животни.
Третични потребители
На най-високите трофични нива лежат третичните потребители. Наричани още върховни хищници, третичните консуматори са месоядни животни, които не са плячка на себе си. Бързи и пъргави плувци и опитни ловци, върховните хищници включват акули, делфини, риба тон и тюлени. Тези животни често са с големи размери. Ако ги преследват, хищниците обикновено избират младите или болните, за да се вдигнат.