Животът процъфтява в костариканските дъждовни гори и морската среда (всеки 20 от всички видове растения и животни може да се намери в Коста Рика), но има и над 100 вида в Международния съюз за опазване на природата и застрашените видове природни ресурси списък. Обезлесяването, преобразуването на местообитанията и замърсяването са виновниците за затихването на много видове.
Бозайници
Коста Рика има една от най-богатите популации на прилепи в света, състояща се от половината популация от бозайници. Видовете прилепи в списъка варират от големия хищнически спектрален прилеп до хондураския бял прилеп, дълъг само около 37 до 47 мм, въпреки че и двата са с нисък риск. Котки като малката петниста котка, костариканската пума и централноамериканският ягуар са изгонени от тях местообитанията и таторинът от котонтоп, мантираният вой и приматите на маймуните-паяци на Жофрой са значително намалени. Други застрашени бозайници включват гигантския мравояд, елените Sambar и тапира на Baird.
Птици
Коста Рика е дом на 894 вида птици, повече отколкото в САЩ и Канада, взети заедно. От тях над 600 са постоянни жители, включително застрашените чадъри с голи врати, черния гуан и синьо-златният танагер, но птици като церулевата пеперуда и елегантната крачка са прелетни. Финчът на остров Кокос се намира на остров Кокос на 360 мили от брега на Коста Рика. Това е единственият от чинките на Дарвин, който не е напълно ендемичен за Галапагоските острови. Други застрашени птици включват познати видове като орел (черен самотен орел), ара (голяма зелена ара), колибри (мангрови колибри) и папагал (червеночелен папагал).
Влечуги и земноводни
Пет-килестата бодлива опашка игуана и тесномостовата кална костенурка са няколко от влечугите, които са застрашени, но има много повече застрашени земноводни, повечето от които са жаби или саламандри, които обикновено са представени с голямо разнообразие в тропическите гори среди. Листата на лемура и жабата на Starrett са изброени като критично застрашени. Така са и червеният саламандър El Empalme и два вида жаби: жаба пико бланко и крастава жаба. Златната крастава жаба Монте Верде не е виждана от 1989 г. и се смята за изчезнала.
Риба
Повечето костарикански риби в списъка на застрашените видове са или почти застрашени, или уязвими. Те включват маслиновия групер, тихоокеанския морски кон и коронната акула. Редица лъчи също са в списъка, като електрически лъч на бичо око в Тихия океан и лъч крава в Атлантическия океан.
Безгръбначни
Има редица застрашени сенки, насекоми, които приличат на водни кончета. Те включват видове с черно гърло, продълговати, чирикита, какао и ревентазон. Много от другите застрашени насекоми са кончета на кончета като лимон, гърбица, катаго, вулкан, алахуела и рогати видове. Два вида сладководни раци и няколко морски корали също са влезли в списъка на IUCN.
Растения
В Коста Рика има над 9000 известни вида растения. Застрашените растения включват членове на семейство Бобови като абарема и ланцето, последното от които получава името си от подобни на копие плодове. Съществуват и 24 вида цъфтящи растения евгения, девет вида от ароматното растение quararibea и два вида от рода virola, който е тясно свързан с индийското орехче и има жълти цветя с остър миризма. Други големи застрашени родове включват корала, криософилата на палмата и вечнозелената или сухосезонната широколистна дървесина кедрела. Ястрофата от Коста Рика, дървото манилкара и дървото гавилан бланко са специално застрашени видове растения.