Малко по-малки по размер от американския щат Колорадо, екосистемите на Нова Зеландия са изправени пред много екологични предизвикателства, тъй като страната е едновременно икономически развита нация и остров общност. Докато много развити страни като САЩ са изправени пред подобни екосистемни заплахи, като инвазивни видове и индустриално замърсяване, островни държави като Нова Зеландия са изправени пред засилени заплахи от глобалното покачване на морското равнище и натиска върху природните ресурси като океана риболов.
Инвазивни видове
Въвеждането на чужди животни и растения в екосистемите на Нова Зеландия сериозно е повлияло на здравето на местните видове. Кивито, нелетяща птица, която е националното животно на страната, е изправено пред заплахата от изчезване с 90% от всички нови пилета са убити от инвазивни видове като стомати, според Новозеландския департамент по опазване. Инвазивните растения като катерещите се аспержи също засягат горските екосистеми на Нова Зеландия, като се разпространяват в подлеса и пречат на местните растения да се регенерират.
Индустриално замърсяване
Около половината от всички езера в Нова Зеландия са замърсени, повечето реки не отговарят на здравните стандарти за плуване и половината от всички местни риби са изброени като застрашени видове, според Forest and Bird организация. Здравето на тези водни пътища и техните екосистеми се влошава от източването на естествените влажни зони, които действат като филтри за сладководни тела. Организацията Forest and Bird изчислява, че 90 процента от влажните зони на Нова Зеландия са отводнени за рамкиране и развитие.
Изменението на климата
Като островна държава екосистемите на Нова Зеландия също са застрашени от повишаване на морското равнище, предизвикано от предизвиканите от човека глобални климатични промени. Министерството на околната среда на Нова Зеландия очаква, че прогнозираното повишаване на морското равнище ще доведе до засилена брегова ерозия и по-голямо навлизане на морската вода в солено устие, наред с другото заплахи. Такива промени застрашават екосистемите на дюните и крайречните общности, които могат да бъдат загубени чрез ерозия, и екосистемите на устията, които не са в състояние да толерират солеността на чистата морска вода.
Намаляване на биологичното разнообразие
Разнообразието и здравето на растенията и животните помагат за определянето на силна екосистема и обикновено се наричат биоразнообразие. В Нова Зеландия ловът и унищожаването на местообитанията доведоха до това, което Министерството на околната среда смята за „сериозен спад“. Длъжностните лица изчисляват, че 32 процента от местните и сладководни птици в Нова Зеландия са изчезнали и се считат за допълнителни 800 вида животни, растения и гъби застрашени.